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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000070

染色体: Chr03 坐标: 828588-829559 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000070
名称SmilChr03G000070
描述splicing factor U2af large subunit B-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向828588 - 829559 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016976
GeneID131016976
locus_tag-
NCBI NameLOC131016976
原始查询SmilChr03G000070

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述splicing factor U2af large subunit B-like
产物splicing factor U2af large subunit B-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801815.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057801815.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057801815.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801815.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801815.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:828644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr3:828753 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B128,B37,B63,B95,C79,C9
Chr3:828783 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B135,C41
Chr3:828783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C41
Chr3:828786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B62,C20,C73
Chr3:828787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:828805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B53,B94,C39
Chr3:828806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B18,B48,C27
Chr3:828828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr3:828854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B140
Chr3:828940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:828954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B55,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945832.1
CACTTAATCTGCACCAACTAACGGTTTCTGGTCTAACTTCATTTGGGTATGACAACGGAATGTGATGATTTTAGTTTCCTTGGCCTTGAACTTCTAGTTTACTAACGGTTTCTGTATATAGTCCTCCATATTACTCACTTGCTAAATAATTCTAATATCGATTATATGCTTTGTTCTCAAGTATTTCCTTTAGTTAATCTGATTGATAATTTCTGACTGTTGCGGTACCCTTTAGAAGGTACCAAATTGACCTTTAGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016976
ATGGGGAAGAATATGTTTGTTTATTTCGATTATACTTTAACTAGGGTGAATTATAATGTGTCATTTCAAATGTATCTTCTTTTGGATCATTATCAGGAAGAGAGAGACAAGAAACGTAAAGCCTTGGAAGAAAAGAGAAGGTCAAAAGAACAGAAAAGCCTGGACCATGAGAGAGGATCGAGCAAGGACCGCGATAGAGTTGATAGAGGCGATCGAAAGGATTATGATCATAGGAGCCGAGACCGAGATAGGCATTATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801815.1
MGKNMFVYFDYTLTRVNYNVSFQMYLLLDHYQEERDKKRKALEEKRRSKEQKSLDHERGSSKDRDRVDRGDRKDYDHRSRDRDRHYDRNHGNDRERVRDRESSRNYNSRSHRRSRSRSKERSRDYDRNKFYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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