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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000079

染色体: Chr03 坐标: 955177-957889 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000079
名称SmilChr03G000079
描述auxin efflux carrier component 5-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向955177 - 957889 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016913
GeneID131016913
locus_tag-
NCBI NameLOC131016913
原始查询SmilChr03G000079

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin efflux carrier component 5-like
产物auxin efflux carrier component 5-like
ArabidopsisAT5G16530 (PIN5)
Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831515]
identity=63.5; qcov=1; evalue=3.31e-158; confidence=high
RiceOs01g0919800 (OsPIN5a)
-
identity=55; qcov=1.03; evalue=7.33e-134; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009926 (auxin polar transport); GO:0010315 (auxin export across the plasma membrane); GO:0010329 (auxin efflux transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03547 (Mem_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801699.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057801699.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057801699.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801699.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801699.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:955410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,C18,C2
Chr3:955440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B106,B139,B40,C72
Chr3:955450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B83,C45
Chr3:955574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B79,C18,C47
Chr3:955576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B17,C50,C53
Chr3:955580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,A6,B42
Chr3:955604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C87
Chr3:955611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr3:955624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C65
Chr3:955630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:955682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B21,C35
Chr3:955744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801699.1
353 aa
N
1
176
353
Mem_trans
C
PF03547 Mem_trans 10-345 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801699.1 Pfam PF03547 Mem_trans Family 10 345 2.8e-71 240.7 Membrane transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945716.1
TCTTCATCCCCTGATGGACGGCGGCGAGATAGGTGACATGCGTCCATTTTCCTATCCAGACGAGACGGCGAAAGGTGGCTCGGGGCTTGCCGCTGTGCTGCGCCTGACCACCTGTCTCCGTCTGCGTCGAATCATGGTCTTCGTCCGGCGCGATTTAGAACCGCAACGCCCGACAAGAAAGCTTTGCTCCGGCATGACTTGGTCACCGGAGCGGTGGCTGAAGGTCGATGGTGGAGATCTCGCGCGGTGGAAGCCTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016913
ATGATAGGATGGGGAGACGTGTGGAAGGTGGTCGAGGCGATGACGCCGTTGTATGTAGCGTTGATATTGGGATACGGGTCGGTGAAATGGTGGCGAATATTGCGCGTGGAGGTGTGCGAGGCCATCAACCATCTAGTGTTTTACTTCACTTACCCATTGTTTGTGTTCGAGTTCGCCGCTCACGTGAACCCTTACACCATGAACTACCCGTTGATGGCCGCCGATGTGGTTTCGAAGGTCATAATAGTGGCGGCGCTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801699.1
MIGWGDVWKVVEAMTPLYVALILGYGSVKWWRILRVEVCEAINHLVFYFTYPLFVFEFAAHVNPYTMNYPLMAADVVSKVIIVAALACWAKWCPHGSYSWSITSFSLTTLTNSLVVGVPFLQPMYGQVGVNLVVQSSVFQALVWTTILLFVFELRDLRRPSPAPTDTDHDLENQPITDALGEEIVAPPLSLQKLIKKVSLKIAKNPNFYACILGLTWAFLSNRWHFSMPNIVEESVLILSRAGTGTTMFNMGLFMASQEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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