当前解析结果
SmilChr03G000079| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000079 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000079 |
| 描述 | auxin efflux carrier component 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 955177 - 957889 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016913 |
|---|---|
| GeneID | 131016913 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016913 |
| 原始查询 | SmilChr03G000079 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin efflux carrier component 5-like |
| 产物 | auxin efflux carrier component 5-like |
| Arabidopsis | AT5G16530 (PIN5)Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831515] identity=63.5; qcov=1; evalue=3.31e-158; confidence=high |
| Rice | Os01g0919800 (OsPIN5a)- identity=55; qcov=1.03; evalue=7.33e-134; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009926 (auxin polar transport); GO:0010315 (auxin export across the plasma membrane); GO:0010329 (auxin efflux transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03547 (Mem_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016913 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057801699.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057801699.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057801699.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801699.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801699.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:955410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,C18,C2 |
Chr3:955440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,B106,B139,B40,C72 |
Chr3:955450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B83,C45 |
Chr3:955574 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B79,C18,C47 |
Chr3:955576 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B17,C50,C53 |
Chr3:955580 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,A6,B42 |
Chr3:955604 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,C87 |
Chr3:955611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr3:955624 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C65 |
Chr3:955630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr3:955682 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B21,C35 |
Chr3:955744 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801699.1PF03547
Mem_trans 10-345 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801699.1 |
Pfam | PF03547 |
Mem_trans | Family | 10 | 345 | 2.8e-71 | 240.7 | Membrane transport protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。