Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000096`

染色体: Chr03 坐标: 1066686-1072914 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000096`
名称	SmilChr03G000096
描述	uncharacterized SmilChr03G000096
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1066686 - 1072914 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015740`
GeneID	`131015740`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015740`
原始查询	`SmilChr03G000096`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G28780` (AT5G28780) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993] identity=38; qcov=0.212; evalue=8.26e-46; confidence=weak
Rice	`Os04g0357300` - identity=46; qcov=0.287; evalue=2.19e-101; confidence=weak
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF14214 (Helitron_like_N); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015740

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800145.1`
2	Telomere	端粒	0.60000	`XP_057800145.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800145.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800145.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800145.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1066953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B73,C31
`Chr3:1067259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42
`Chr3:1067264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42
`Chr3:1067304`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B22,C27,C54
`Chr3:1067311`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C54
`Chr3:1067311`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C54
`Chr3:1067315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C21,C78
`Chr3:1068420`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D6
`Chr3:1068420`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D6
`Chr3:1068556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr3:1069022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr3:1069025`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800145.1

1277 aa

638

1277

Helitron_like_N

PIF1

Pif1_2B_dom

PF14214 Helitron_like_N 318-444 aa PF05970 PIF1 851-996 aa PF21530 Pif1_2B_dom 1110-1155 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800145.1`	Pfam	`PF14214`	Helitron_like_N	Domain	318	444	1.3e-20	75.1	Helitron helicase-like domain at N-terminus
`XP_057800145.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	851	996	6.5e-54	183.6	PIF1-like helicase
`XP_057800145.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	1110	1155	2.5e-17	63.0	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944162.1
ATGGCTATGCCAATTATCTTTGACCCTGAGTGTTCGCATGCTCCAACTACTGAGTCGAGAAGTTTGCGAGATGAAATTTCACAAAAAAGAAAGAGGCGTGTTCTCGTTGTTGACACTGATGGGAGTGTTCCACTCTCGCAAGTGACAGGCTCTTCTTCTAAAAGTGATCAAGTTTTCTTTGGCCCAACAAATGCGATCCCTTGTTCCATATTGTCAAATGGCTGCTTGCGCCGATTGGGTTCCGATGTGACGCAACGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015740
ATGGCTATGCCAATTATCTTTGACCCTGAGTGTTCGCATGCTCCAACTACTGAGTCGAGAAGTTTGCGAGATGAAATTTCACAAAAAAGAAAGAGGCGTGTTCTCGTTGTTGACACTGATGGGAGTGTTCCACTCTCGCAAGTGACAGGCTCTTCTTCTAAAAGTGATCAAGTTTTCTTTGGCCCAACAAATGCGATCCCTTGTTCCATATTGTCAAATGGCTGCTTGCGCCGATTGGGTTCCGATGTGACGCAACGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800145.1
MAMPIIFDPECSHAPTTESRSLRDEISQKRKRRVLVVDTDGSVPLSQVTGSSSKSDQVFFGPTNAIPCSILSNGCLRRLGSDVTQRPLSNNVNVSRSKCLSKASCGQRRSKPLAKANKGVYTFKVQGIVRHYIHELTPKDGVPRHLQLYFYGTERELDNRVSQCEGLDRVIVSLLVNILPNNPYHNFFTNLQNKDDLDSYAIVLRANPKLDQRVYNLPVVDHVAAVWNEGVGTSMEQPRDIRYCLIFPYGEPGWYAGIPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器