Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000097`

染色体: Chr03 坐标: 1082174-1083545 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000097`
名称	SmilChr03G000097
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-4
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1082174 - 1083545 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016953`
GeneID	`131016953`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016953`
原始查询	`SmilChr03G000097`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-4
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-4
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016953

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801774.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801774.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801774.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801774.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801774.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1082526`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	B135,B52,B66,B71,B91,C20,C45,C51,C66,C77,C78,C80,D8
`Chr3:1082728`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	A22,B114,B118,B24,B25,B36,B48,C27,C41,C64,C66,C81,C84,D6
`Chr3:1082883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B102
`Chr3:1082934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr3:1082942`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B75
`Chr3:1082942`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B75
`Chr3:1082944`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C48
`Chr3:1082944`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C48
`Chr3:1082947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr3:1082957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr3:1082969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B32,C45,D4
`Chr3:1082970`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B123,B76,C16,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945794.1
CAACCATATCAAAGCTTCATAATCTTCAGACTTTGATTATTTATAGATCTGAGGTTCGTTTACCAGTGGAGATTTGGAGGCTGAGCCAATTGAGACATCTTATTGCCTTTTCATTTCATCCTTTACCCCATCCTGAAGTAACAGCTATTCCTCTAGCAAACTTACAAAAATTTTCGCTGGCAACGGATTTTGTATGTGTGAAAATGATTCCAAACATTCAAAAGTTGGGAATATTCTACTCTGAAGAGAAGTTTAGTGAA...

XM_057945793.1
CAACCATATCAAAGCTTCATAATCTTCAGACTTTGATTATTTATAGATCTGAGGTTCGTTTACCAGTGGAGATTTGGAGGCTGAGCCAATTGAGACATCTTATTGCCTTTTCATTTCATCCTTTACCCCATCCTGAAGTAACAGCTATTCCTCTAGCAAACTTACAAAAATTTTCGCTGGCAACGGATTTTGTATGTGTGAAAATGATTCCAAACATTCAAAAGTTGGGAATATTCTACTCTGAAGAGAAGTTTAGTGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131016953
ATGATTCCAAACATTCAAAAGTTGGGAATATTCTACTCTGAAGAGAAGTTTAGTGAAGGCTATCATCCTGGCAATCTGTTCGGCAACCTGTTTCGACTTGAGAAGCTGAAATTGGAGAGACATAATTCATTTTGCGGGAGTCTGAATTTTGCCTTTCAGTTTCCTCTGTCGCTGAAGAAGTTAACACTAATTGGCTGGAAGCTTCCTTGGAGTCATATGAAGATTGTTGGTTCGTTGCCTAATCTTCAAGAGTTGAAACT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057801774.1
MIPNIQKLGIFYSEEKFSEGYHPGNLFGNLFRLEKLKLERHNSFCGSLNFAFQFPLSLKKLTLIGWKLPWSHMKIVGSLPNLQELKLRKYACNGKCWETSKRDFVNLRLLLIDESNLRLWRPKSRHFPRLKCLMLLRCPDLPEIPIALGHIPTLELIEVDDCNKSLFKSAQKIQRKHRLNFGDGLHVRRMRSRYTLSDSTLYFISDAEC

XP_057801775.1
MIPNIQKLGIFYSEEKFSEGYHPGNLFGNLFRLEKLKLERHNSFCGSLNFAFQFPLSLKKLTLIGWKLPWSHMKIVGSLPNLQELKLRKYACNGKCWETSKRDFVNLRLLLIDESNLRLWRPKSRHFPRLKCLMLLRCPDLPEIPIALGHIPTLELIEVDDCNKSLFKSAQKIQRKHRLNFGDGLHVRRMRSRYTLSDSTLYFISDAEC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器