Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000109`

染色体: Chr03 坐标: 1201642-1202819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000109`
名称	SmilChr03G000109
描述	uncharacterized SmilChr03G000109
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1201642 - 1202819 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016944`
GeneID	`131016944`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016944`
原始查询	`SmilChr03G000109`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801740.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801740.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801740.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801740.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057801740.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1201711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr3:1201754`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B55,C31
`Chr3:1201762`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B80,B97,C82
`Chr3:1201767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A14,A4,C21,C29,C63
`Chr3:1201767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A4,C21,C29,C63
`Chr3:1201795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B80,B97,C82
`Chr3:1201801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr3:1201821`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	B57,B73,B81,B87,C34,C40,C57,C64,C66,D8
`Chr3:1202018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,C2,C45,C85
`Chr3:1202043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:1202075`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,D7
`Chr3:1202153`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B109,B117,B21,B36,B41,B44,B51,B58,B64,C21,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945757.1
GATTATATTTTGTTTTGTCTGCAGTGACGAGGTACTGTTCGCCTGCGGAGATACTATCCTGCGAAGGATGAATTTTCGTACTCTACACATGGGAAACATTGTGGATATTGATGTGATAAACGCGTGGTGTTTGCTATTGAATTATAATGAGCTCTTGCGGTCAACCAATTCACCGGCTCGTTTTTTTGCAACAGTTGGAGTATGCCTGGAATCAACAATACAACCTCCATGTAACTTGGCATATAATAAGCGAAGAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016944
ATGAATTTTCGTACTCTACACATGGGAAACATTGTGGATATTGATGTGATAAACGCGTGGTGTTTGCTATTGAATTATAATGAGCTCTTGCGGTCAACCAATTCACCGGCTCGTTTTTTTGCAACAGTTGGAGTATGCCTGGAATCAACAATACAACCTCCATGTAACTTGGCATATAATAAGCGAAGAGATATTTTTTTTAGGCTTTTGGATGCTGAGATATCACGAATCGAGCATATGTCTATCGAGAATATAGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801740.1
MNFRTLHMGNIVDIDVINAWCLLLNYNELLRSTNSPARFFATVGVCLESTIQPPCNLAYNKRRDIFFRLLDAEISRIEHMSIENIDLFFFPMCRVLKYYTFCVDIKKEKVYVLDSQNELVDICQAAKYGTTTDLVKNMLADYLAYKGHVHKSNVVKRSKLAIVHIKWGDAKNINDMGVYMMRHMETFMGDSSSLWTCGLAPKLRKQLNLLRVRYCAALIAWEKNSIRDAMEESAKLSFGSSFDDPNLNIDVTLLGK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器