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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000114

染色体: Chr03 坐标: 1263204-1265204 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000114
名称SmilChr03G000114
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-17
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1263204 - 1265204 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015747
GeneID131015747
locus_tag-
NCBI NameLOC131015747
原始查询SmilChr03G000114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-17
产物putative late blight resistance protein homolog R1B-17
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=28.7; qcov=0.901; evalue=3.85e-58; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=30.9; qcov=0.961; evalue=1.07e-72; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057800152.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800152.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800152.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800152.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800152.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1263202 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B68,B89,C53
Chr3:1263206 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B68,B89,C53
Chr3:1263206 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 3 B68,B89,C53
Chr3:1263230 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 51 A16,A18,A23,A25,A6,A8,B10,B101,B110,B117,B122,B131,B134,B21,B23,B24,B3,B33,B35,B4,B44,B47,B51,B58,B67,B76,B77,B8,B80,B90,B94,B99,C13,C28,C3,C30,C41,C42,C43,C45,C54,C60,C62,C68,C74,C81,C84,D2,D4,D8,D9
Chr3:1263235 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 50 A16,A18,A23,A25,A6,A8,B10,B101,B110,B117,B122,B131,B134,B21,B23,B24,B3,B33,B35,B4,B44,B47,B51,B58,B67,B77,B8,B80,B90,B94,B99,C13,C28,C3,C30,C41,C42,C43,C45,C54,C60,C62,C68,C74,C81,C84,D2,D4,D8,D9
Chr3:1263284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr3:1263316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr3:1263343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,C14,C4
Chr3:1263354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,C14,C4
Chr3:1263372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D9
Chr3:1263410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:1263418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,C10,C74,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800152.1
666 aa
N
1
333
666
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 157-319 aa PF23559 WHD_DRP 405-475 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800152.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 157 319 4.8e-39 134.4 NB-ARC domain
XP_057800152.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 405 475 4e-18 65.9 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944169.1
ATGGCGGCATATGCGGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATCGATACAATCGAGCATCACCATTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAACAACTTGAATCTCTCACTCAAATTATTACCTTTTTGCAGGAATTTCTTGATGGTTATAAGTCCCCTGTTGCTGACGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGTATCGCAGATGCCGCTTATGCGGCTGAAGATGCTATCGAATCTCATATTGTGGACGTGATTAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015747
ATGGCGGCATATGCGGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATCGATACAATCGAGCATCACCATTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAACAACTTGAATCTCTCACTCAAATTATTACCTTTTTGCAGGAATTTCTTGATGGTTATAAGTCCCCTGTTGCTGACGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGTATCGCAGATGCCGCTTATGCGGCTGAAGATGCTATCGAATCTCATATTGTGGACGTGATTAAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800152.1
MAAYAALVSLMHIIDTIEHHHSPPISIHKQQLESLTQIITFLQEFLDGYKSPVADGDEADPLEMRIADAAYAAEDAIESHIVDVIKLGRSTSNEVSFFYEDLQQVIEEMNVIKKEAMEIAAEAQQQRKVSLTHAGSLTSSSNVKESMMVGFDDVQLQLLDWLTGGNCKRQFIPIVGMGGIGKTTLARHIFEHALVKENFDIRAWTTISQTYNVRETLSQVLHQVTGNLGSDLSEEDLGEKLYKYLLCRSRYLIILDDMWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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