Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000116`

染色体: Chr03 坐标: 1280394-1281020 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000116`
名称	SmilChr03G000116
描述	uncharacterized SmilChr03G000116
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1280394 - 1281020 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015749`
GeneID	`131015749`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015749`
原始查询	`SmilChr03G000116`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121]; symbol=AT3G25270; hit=AT3G25270; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121]; symbol=AT3G25270; hit=AT3G25270; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25270` (AT3G25270) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121] identity=31.4; qcov=0.659; evalue=2.29e-13; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=27.9; qcov=0.947; evalue=3.7e-12; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057800154.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057800154.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057800154.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057800154.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800154.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1280475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B90,B92
`Chr3:1280475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr3:1280490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr3:1280572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B114,B29,C30
`Chr3:1280577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B83,D9
`Chr3:1280583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B41
`Chr3:1280632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C42
`Chr3:1280666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:1280670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,C32,C68
`Chr3:1280687`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C25
`Chr3:1280687`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C25
`Chr3:1280713`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800154.1

208 aa

104

208

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 14-107 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800154.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	14	107	3.2e-19	70.1	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944171.1
ATGGATGGGTGGAGATGGAAATCCACCCCTTACGGATGTTTCACAGTAAATTCAGCCTATAAAGAACTGAGCTCACAGTCTGGCCCTCCGGCGGACCTCGACGACAAACTGATCTGGCAAATGATCTGGAAAGCTCCAACTCCTCCCAAAGTCATAACCACAGTTTGGAAAGCACTTCGAGGAAGATTGGCGACCTGCGAAAATCTGATGAAAAGACGTGTGATCGCGCAAAATTCTGAGGCTAAGTGTGCTTTCTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015749
ATGGATGGGTGGAGATGGAAATCCACCCCTTACGGATGTTTCACAGTAAATTCAGCCTATAAAGAACTGAGCTCACAGTCTGGCCCTCCGGCGGACCTCGACGACAAACTGATCTGGCAAATGATCTGGAAAGCTCCAACTCCTCCCAAAGTCATAACCACAGTTTGGAAAGCACTTCGAGGAAGATTGGCGACCTGCGAAAATCTGATGAAAAGACGTGTGATCGCGCAAAATTCTGAGGCTAAGTGTGCTTTCTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800154.1
MDGWRWKSTPYGCFTVNSAYKELSSQSGPPADLDDKLIWQMIWKAPTPPKVITTVWKALRGRLATCENLMKRRVIAQNSEAKCAFCKTEIETSEHIFFSCSKTEEIWKFLLLWIGKQTALSIKMKDHFLAFINLGSKEDLRFLLGSWMCTIWCIWKGRNECKFNNGIWNKDKMTGEIKTRVWGWLQVFGTPTVLPDFRRWLHSALLHG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器