Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000124`

染色体: Chr03 坐标: 1360438-1362210 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000124`
名称	SmilChr03G000124
描述	uncharacterized SmilChr03G000124
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1360438 - 1362210 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015751`
GeneID	`131015751`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015751`
原始查询	`SmilChr03G000124`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF20167 (Retrotransp-rel)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800157.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057800157.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800157.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800157.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800157.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1360445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B130,B29,C29
`Chr3:1360446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr3:1360448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C48
`Chr3:1360480`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	36	A19,A20,A25,B10,B100,B101,B103,B104,B110,B114,B122,B128,B138,B139,B18,B20,B21,B36,B38,B58,B78,B83,B9,C11,C15,C17,C21,C26,C3,C36,C41,C69,C75,C84,D2,D6
`Chr3:1360513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C83
`Chr3:1360522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,C6,C76
`Chr3:1360548`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B43,C72,C80
`Chr3:1360550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr3:1360553`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A21,B14,B39,C13,C44,C51,C61,C87
`Chr3:1360579`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B15,D11
`Chr3:1360585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr3:1360593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800157.1

590 aa

295

590

Retrotransp-rel

PF20167 Retrotransp-rel 309-479 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800157.1`	Pfam	`PF20167`	Retrotransp-rel	Domain	309	479	1.4e-22	81.1	Putative plant retrotransposon-related domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944174.1
ATGTCTAACCCAAATACTATTGAGCTTATTAGACAGATCTTATCAAATCCCCAATTTCAAGCAGCCCTAGCCACCATCTCAGTGCCGGAAAATCAAGCTGCTCCACCGTTGCCGTCCCTGCCTGCTCCGATGACAACTCCAGCAACATCAAGCAGACACGCTCCACCACCGGTGTCTCAAACACCGGAAGTCTCAAAAGCGGTGCTAAATCCGGCGCCCATTTCTACAATCGAGCACTCTGCCGATTCACCGGTCGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015751
ATGTCTAACCCAAATACTATTGAGCTTATTAGACAGATCTTATCAAATCCCCAATTTCAAGCAGCCCTAGCCACCATCTCAGTGCCGGAAAATCAAGCTGCTCCACCGTTGCCGTCCCTGCCTGCTCCGATGACAACTCCAGCAACATCAAGCAGACACGCTCCACCACCGGTGTCTCAAACACCGGAAGTCTCAAAAGCGGTGCTAAATCCGGCGCCCATTTCTACAATCGAGCACTCTGCCGATTCACCGGTCGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800157.1
MSNPNTIELIRQILSNPQFQAALATISVPENQAAPPLPSLPAPMTTPATSSRHAPPPVSQTPEVSKAVLNPAPISTIEHSADSPVEKPAKQGEPEKPSNKRKKKGAETSRPKLKAVRRSNRIPTQPRVSKPGPPKMVLLDESEDDVPPAKQARTSGPTVETSTADEESAAPTEETTEPTAPSPVQSLDTLLNEAEAEVAAENTSDDDTLLTEVLTKLKRKAIREGKRKATTSTVPPTPEATESEEEDMDVEDEEPEGSDM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器