当前解析结果
SmilChr03G000130| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000130 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000130 |
| 描述 | receptor like protein 27-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 1418005 - 1419270 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015753 |
|---|---|
| GeneID | 131015753 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015753 |
| 原始查询 | SmilChr03G000130 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor like protein 27-like |
| 产物 | receptor like protein 27-like |
| Arabidopsis | AT2G33060 (RLP27)receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868] identity=37.9; qcov=0.571; evalue=1.14e-17; confidence=low |
| Rice | Os12g0221700- identity=36.8; qcov=0.576; evalue=1.83e-19; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015753 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057800158.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057800158.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057800158.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800158.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800158.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:1418954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B113,D7 |
Chr3:1419019 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C6,C66 |
Chr3:1419025 |
ACC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B73,C68 |
Chr3:1419025 |
ACC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B73,C68 |
Chr3:1419101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B124,C7 |
Chr3:1419114 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B117,B20,B66,C7,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800158.1PF00560
LRR_1 33-49 aa
PF00560
LRR_1 106-122 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800158.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 33 | 49 | 1.3e-06 | 28.1 | Leucine Rich Repeat |
XP_057800158.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 106 | 122 | 1.3e-06 | 28.1 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。