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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000130

染色体: Chr03 坐标: 1418005-1419270 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000130
名称SmilChr03G000130
描述receptor like protein 27-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1418005 - 1419270 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015753
GeneID131015753
locus_tag-
NCBI NameLOC131015753
原始查询SmilChr03G000130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor like protein 27-like
产物receptor like protein 27-like
ArabidopsisAT2G33060 (RLP27)
receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868]
identity=37.9; qcov=0.571; evalue=1.14e-17; confidence=low
RiceOs12g0221700
-
identity=36.8; qcov=0.576; evalue=1.83e-19; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057800158.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057800158.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057800158.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800158.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1418954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B113,D7
Chr3:1419019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C66
Chr3:1419025 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B73,C68
Chr3:1419025 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 2 B73,C68
Chr3:1419101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B124,C7
Chr3:1419114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B20,B66,C7,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800158.1
217 aa
N
1
108
217
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 33-49 aa PF00560 LRR_1 106-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800158.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 33 49 1.3e-06 28.1 Leucine Rich Repeat
XP_057800158.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 106 122 1.3e-06 28.1 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944175.1
ATGGAAGGTCTTCCTGACCTTCGAGTGCTCGTCTTGAAGTCTAACATGTTTGATGGTAACATGTCGTTGGCTTCACGAAGCAACCTTCCATTTCCGAAGTTGCAAGTTTTAGATATATCAGAGAACGAATTTGTGGGGTCTTTACCTCAAAAATATCTCAAGAATTTCAGAGCAATGATGGATGCGAAGGAAAATCAAACAAATATTCTAACACCAAGTGATGTTGATGATCGCATCTTTCAAGGTTTTTTGGAGATGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015753
ATGGAAGGTCTTCCTGACCTTCGAGTGCTCGTCTTGAAGTCTAACATGTTTGATGGTAACATGTCGTTGGCTTCACGAAGCAACCTTCCATTTCCGAAGTTGCAAGTTTTAGATATATCAGAGAACGAATTTGTGGGGTCTTTACCTCAAAAATATCTCAAGAATTTCAGAGCAATGATGGATGCGAAGGAAAATCAAACAAATATTCTAACACCAAGTGATGTTGATGATCGCATCTTTCAAGGTTTTTTGGAGATGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800158.1
MEGLPDLRVLVLKSNMFDGNMSLASRSNLPFPKLQVLDISENEFVGSLPQKYLKNFRAMMDAKENQTNILTPSDVDDRIFQGFLEMRITLKGLDQLLKRLLKTFATIDLSSNKFSGTIPHSIEIGFPPRRGSRLFCDNKAAISISENPVQHDRTKHVEIDWHFIKEKLDSGIIELPFIRSDEQLADILTKAVNTKVFREVLDKLSIGNAITQLAGEC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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