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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000141

染色体: Chr03 坐标: 1537730-1545908 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000141
名称SmilChr03G000141
描述uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1537730 - 1545908 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016885
GeneID131016885
locus_tag-
NCBI NameLOC131016885
原始查询SmilChr03G000141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]; symbol=AT2G29880; hit=AT2G29880; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]; symbol=AT2G29880; hit=AT2G29880; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G29880 (AT2G29880)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]
identity=44; qcov=0.748; evalue=4.19e-45; confidence=medium
RiceOs09g0122200
-
identity=27.2; qcov=0.648; evalue=9.57e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF01609 (DDE_Tnp_1); PF12776 (Myb_DNA-bind_3); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801652.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057801652.1
3 Telomere 端粒 0.40000 XP_057801652.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801653.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801653.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1538183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,D2
Chr3:1538247 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 13 A20,B105,B19,B23,B40,B50,B59,B81,B83,C19,C35,C60,D3
Chr3:1538293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:1538310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C41
Chr3:1538328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:1538339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:1538526 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B140,C39
Chr3:1538526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C39
Chr3:1538545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,C10,C23,C34,C55
Chr3:1538578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr3:1538586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr3:1538619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801652.1
435 aa
N
1
218
435
DUF8040
DDE_Tnp_1
DDE_Tnp_4
C
PF26138 DUF8040 71-161 aa PF01609 DDE_Tnp_1 191-337 aa PF13359 DDE_Tnp_4 197-358 aa
XP_057801653.1
210 aa
N
1
105
210
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 18-114 aa
XP_057801654.1
210 aa
N
1
105
210
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 18-114 aa
XP_057801655.1
210 aa
N
1
105
210
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 18-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801652.1 Pfam PF26138 DUF8040 Domain 71 161 7.4e-23 81.0 Domain of unknown function (DUF8040)
XP_057801652.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 191 337 1.2e-10 42.2 Transposase DDE domain
XP_057801652.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 197 358 1.7e-25 90.2 DDE superfamily endonuclease
XP_057801653.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 18 114 6.6e-17 63.0 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057801654.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 18 114 6.6e-17 63.0 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057801655.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 18 114 6.6e-17 63.0 Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945669.1
ACACACAAACACAACCACTCAGCCGGGCTCCCCCCTCCAAAACACAGTCTCTCCCCTTCTCTCTTCTTCTCCGGCAGACGACACCAGCGCCGGCCGCCGTCCCGCCCCGCCGCCTCTCGCCCCTTCACCTCTCCCTTATCTCTCTTTTCTCCGGTCCCCGATTTATCTCCCCTCTCTCTTTTTCTCTGGTTTGCGTTCATTGAGTTTGGAGATGGCTTTGGAGAACACGATTGTTCTGTGTTTTCCTCGAATCGGAGGGC...
XM_057945672.1
AAACACAACCACTCAGCCGGGCTCCCCCCTCCAAAACACAGTCTCTCCCCTTCTCTCTTCTTCTCCGGCAGACGACACCAGCGCCGGCCGCCGTCCCGCCCCGCCGCCTCTCGCCCCTTCACCTCTCCCTTATCTCTCTTTTCTCCGGTCCCCGATTTATCTCCCCTCTCTCTTTTTCTCTGGTTTGCGTTCATTGAGTTTGGAGATGGCTTTGGAGAACACGATTGTTCTGTGTTTTCCTCGAATCGGAGGGCCGCGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016885
ATGAATTATGAAGATAAAATTGAAATTGCAATTGAAGAAGACATAGATGAAGAACTTGAGGATGAAATCGAAACAGAGATGGAGATTGAACTTTCTGTTCATGCTAGGCAACTGATGGAAGCAGCTAAGGTAGTTATCACTCTATTGGGGAATATGATGACGCATCATCCGACTGCTGACAACGCTCTGATGCGACGACCAAAGACTAGGAAAGGATTCCGTTTTATTATGGACACGATGGATGGAGATCCGAGCCAATT...
LOC131016885
ATGGGAGACTCTCAACCACAAGAATCCAAAAAAAGGGCAGTGTATGAAGCATGGACACAGGAACAAAGTGATGCCTTGTTACGAATTCTGGTTGAATCTGCAATTAGGGGATGGCGCGATAATAGTGGTATATTTAGCAAAGCAACAGTAGAGGAAAGAATATTGCCTGTTCTGAATGACAAACTTAGGTGCAATAAAAATTATAATCACTACCAAAGTCGTATCAAATGGTTTAAGAGCCGTTGGACTGCGTATTCAAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057801652.1
MNYEDKIEIAIEEDIDEELEDEIETEMEIELSVHARQLMEAAKVVITLLGNMMTHHPTADNALMRRPKTRKGFRFIMDTMDGDPSQFRQLYRMYPDVFIKLCQIIREKAHVDDTRYTTVEEMLATFLIIVGHNDRYCNVRERFGRSHFATSQNFNKILRALNTIAPDMMFKPTGAIPAKIRESTRFYPYFKDCIGAIDGTHIPATIIGKDVSCYRNRHGVNSQNVLAACNFDLQFIYVLSGWEGSAHDSKILSDAYSRPN...
XP_057801653.1
MGDSQPQESKKRAVYEAWTQEQSDALLRILVESAIRGWRDNSGIFSKATVEERILPVLNDKLRCNKNYNHYQSRIKWFKSRWTAYSNLMKSNSGFGYDNDTKKFTAPDEVWDAYIEAHPKDAYLRTGSFSDYDDLRLAVGNGVAVGRNAIGVGSVTDARTIGVDESRGPTIEELNYDTATEAFVVLGEDDPPLSGSKSPLEPTEVPVEST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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