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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000142

染色体: Chr03 坐标: 1547153-1610404 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000142
名称SmilChr03G000142
描述receptor-like protein 52
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1547153 - 1610404 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016791
GeneID131016791
locus_tag-
NCBI NameLOC131016791
原始查询SmilChr03G000142

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 52
产物receptor-like protein 52
ArabidopsisAT5G25910 (RLP52)
receptor like protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832660]
identity=38; qcov=0.763; evalue=3.34e-136; confidence=medium
RiceOs10g0469000
-
identity=34.7; qcov=1; evalue=2.61e-129; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801505.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801505.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801505.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801505.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801505.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1547355 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr3:1547355 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr3:1547459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B81,C1
Chr3:1547483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B54,B9,C22,C26
Chr3:1547514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B34,B63
Chr3:1547516 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B58,B81,C79
Chr3:1547516 T TC 1bp_insertion CDS_variant 3 B58,B81,C79
Chr3:1547558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr3:1547570 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B81
Chr3:1547570 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 1 B81
Chr3:1547580 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 36 A13,A3,A5,A7,A8,B10,B105,B106,B110,B113,B132,B140,B19,B21,B3,B35,B37,B39,B50,B56,B63,B69,B71,B72,C10,C25,C40,C41,C44,C50,C54,C59,C61,C82,C85,D6
Chr3:1547583 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 35 A13,A3,A5,A7,A8,B10,B105,B106,B110,B113,B132,B140,B19,B21,B3,B35,B37,B39,B50,B56,B63,B69,B71,B72,C10,C25,C41,C44,C50,C54,C59,C61,C82,C85,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801505.1
996 aa
N
1
498
996
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 16-37 aa PF00560 LRR_1 41-62 aa PF00560 LRR_1 65-84 aa PF00560 LRR_1 92-113 aa PF00560 LRR_1 190-211 aa PF00560 LRR_1 214-235 aa PF00560 LRR_1 314-335 aa PF00560 LRR_1 338-360 aa PF00560 LRR_1 363-383 aa PF00560 LRR_1 434-456 aa PF13855 LRR_8 434-493 aa PF00560 LRR_1 458-480 aa PF00560 LRR_1 482-504 aa PF00560 LRR_1 506-528 aa PF23598 LRR_14 508-705 aa PF00560 LRR_1 530-552 aa PF00560 LRR_1 554-576 aa PF00560 LRR_1 578-600 aa PF00560 LRR_1 602-624 aa PF00560 LRR_1 651-673 aa PF13855 LRR_8 651-710 aa PF00560 LRR_1 792-812 aa PF00560 LRR_1 814-835 aa PF00560 LRR_1 839-860 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 16 37 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 41 62 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 65 84 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 92 113 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 190 211 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 214 235 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 314 335 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 338 360 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 383 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 434 456 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 434 493 4.7e-65 216.0 Leucine rich repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 458 480 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 482 504 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 506 528 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 508 705 2.8e-64 217.8 Leucine-rich repeat region
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 530 552 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 554 576 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 578 600 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 602 624 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 651 673 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 651 710 4.7e-65 216.0 Leucine rich repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 792 812 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 814 835 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 839 860 1.4e-86 266.2 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945522.1
CCCTTTCTTCATCTAAATTAGGGCGATTTATATGCTGCCACTTTCTCAATCAAATTAAGTTGCTAATTTGCTGTAAATTAATGTAATTTGTTCCATAAGACTTCTTCCATAGCTGTCAAAGCGATTAGAATTCGGTAGAATTTTCTGAAGAAAGGGCTGAATTTTTACTGAAATTGATTTGGTTGTGTTAGGTTTATTGAATAGAATTACAGTTCTGAAGGTTAGGTAAAATTATAATGTTAAATTTAATTTAAACTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016791
ATGTTTCTCGAAGGAAGCATTCCACAGGAAATTGGAAATCTTTCTTCACTTGAGAGCATTATATTTTCAAACAACAACTTTAGTGGACATGTGCCAAGACAAATTGGGAATATCACACTGCTCAAGGAATTAGACCTTAGTTGGAACAATTTGGGAGGGAGCATCCCCCAGGAAATCGGAAATCTTTCTTATCTTGTTTATCTAGATTTGAGTTGGAACTCTTTTCATGGTCGGCTACCAAAAGACATTTGCATGCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801505.1
MFLEGSIPQEIGNLSSLESIIFSNNNFSGHVPRQIGNITLLKELDLSWNNLGGSIPQEIGNLSYLVYLDLSWNSFHGRLPKDICMHNNLQRLKLLNLSRNEMEGDIPSSLYQCSQLESIDLSRNSFGGYVPAQIWNITLLKVLDLGLNNLIGRLPKDICSHNNLQRLKLLSLRWNKLEGDIPLSLGQCTQLEIIYLSNNNFGGNIPREIGNITQLKELSLSRNNLKGGIPKEIGNPNNLEVLDMSFNYNLSGPIPRQILN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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