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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000154

染色体: Chr03 坐标: 1679463-1682183 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000154
名称SmilChr03G000154
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1679463 - 1682183 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015759
GeneID131015759
locus_tag-
NCBI NameLOC131015759
原始查询SmilChr03G000154

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-10
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=25.7; qcov=0.971; evalue=1.4e-62; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=27.8; qcov=0.791; evalue=5.37e-73; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015759

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057800168.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800168.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800168.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800168.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800168.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1679577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B14,B19,C37
Chr3:1679624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:1679700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B37,C63
Chr3:1679739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B17,C33,C64
Chr3:1679756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:1679764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr3:1679766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,C11,C51,C69
Chr3:1679767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr3:1679770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C20,C6
Chr3:1679787 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 13 B102,B119,B32,B33,B61,B72,B8,B91,C15,C27,C54,C78,D5
Chr3:1679790 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 10 B119,B32,B33,B61,B72,B91,C15,C27,C54,C78
Chr3:1679829 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800168.1
906 aa
N
1
453
906
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 180-343 aa PF23559 WHD_DRP 430-501 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800168.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 180 343 1.6e-40 139.2 NB-ARC domain
XP_057800168.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 430 501 7.6e-15 55.4 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944185.1
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCAATTTCTCTAAACAAACACCAAGTTCAATCCCTCACTGAAAATGTCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCTCCTGTTTCCGACGACGCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015759
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCAATTTCTCTAAACAAACACCAAGTTCAATCCCTCACTGAAAATGTCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCTCCTGTTTCCGACGACGCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800168.1
MAAYAALVSLMHIIDDLERHHSPPISLNKHQVQSLTENVTFLQEFLEAYISPVSDDADPLEMRIADAAYAAEDAIESHIVAKIQLSRSRETIRSRFLSCFRAPKDPKTVSSNHDDDEEMNLFQDVQNMIQEMDQIKSLAMQRNTEKVVLHDTRRSFVSASSSTGNNSSGMVVWSDVVVNGILERVVSDQRERQVIPITGMGGIGKTTLAKTVYSKKIIEQRFDVRAWATISQQYNTREILCELVSQATKKTKEQLSEKSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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