当前解析结果
SmilChr03G000156| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000156 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000156 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000156 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 1709118 - 1712325 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015760 |
|---|---|
| GeneID | 131015760 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015760 |
| 原始查询 | SmilChr03G000156 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os01g0152500- identity=25; qcov=0.41; evalue=9.29e-12; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29561 (DUF8566) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015760 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057800169.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.60000 | XP_057800169.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800169.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057800169.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057800169.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:1709165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,C21,C65 |
Chr3:1709166 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C41 |
Chr3:1709249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr3:1709250 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr3:1709258 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr3:1709264 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,B65 |
Chr3:1709285 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B9,C73 |
Chr3:1709316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:1709433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B26,C34 |
Chr3:1709447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B34,B70,C1 |
Chr3:1709450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B30 |
Chr3:1709591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800169.1PF29561
DUF8566 163-362 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800169.1 |
Pfam | PF29561 |
DUF8566 | Domain | 163 | 362 | 3.1e-51 | 174.8 | Domain of unknown function (DUF8566) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。