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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000159

染色体: Chr03 坐标: 1741254-1747479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000159
名称SmilChr03G000159
描述uncharacterized SmilChr03G000159
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1741254 - 1747479 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016838
GeneID131016838
locus_tag-
NCBI NameLOC131016838
原始查询SmilChr03G000159

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisATMG00860
-
identity=40.6; qcov=0.082; evalue=4.25e-10; confidence=weak
RiceOs12g0142900
-
identity=38.2; qcov=0.519; evalue=4.05e-89; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801590.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801590.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057801590.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057801590.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057801590.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1744955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B41,B9,C85,D2
Chr3:1744957 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B125,B90,B92,D6
Chr3:1744957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,D6
Chr3:1744958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr3:1744964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:1744974 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 19 A13,A16,B111,B112,B113,B128,B132,B137,B40,B60,B62,B80,C11,C19,C62,C64,C66,C69,C83
Chr3:1744991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B2,B67
Chr3:1745086 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A22,B37,B6
Chr3:1745086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B37,B6
Chr3:1745122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr3:1745129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B140
Chr3:1745144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801590.1
842 aa
N
1
421
842
Ty3_capsid
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
RVP_2
Asp_protease_2
gag-asp_proteas
PRO_PEG10-RTL1
RVT_1
C
PF19259 Ty3_capsid 48-210 aa PF03732 PEG10_N-capsid 49-127 aa PF00098 zf-CCHC 300-316 aa PF08284 RVP_2 391-518 aa PF13650 Asp_protease_2 416-500 aa PF13975 gag-asp_proteas 416-502 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 422-517 aa PF00078 RVT_1 650-809 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801590.1 Pfam PF19259 Ty3_capsid Domain 48 210 3.5e-10 40.4 Ty3 transposon capsid-like protein
XP_057801590.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 49 127 9.6e-12 45.8 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057801590.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 300 316 0.0004 21.1 Zinc knuckle
XP_057801590.1 Pfam PF08284 RVP_2 Domain 391 518 4e-28 98.6 Retroviral aspartyl protease
XP_057801590.1 Pfam PF13650 Asp_protease_2 Domain 416 500 1.1e-10 42.8 Aspartyl protease
XP_057801590.1 Pfam PF13975 gag-asp_proteas Domain 416 502 5.4e-10 40.4 gag-polyprotein putative aspartyl protease
XP_057801590.1 Pfam PF30863 PRO_PEG10-RTL1 Domain 422 517 1.8e-10 42.0 PEG10/RTL1 protease domain
XP_057801590.1 Pfam PF00078 RVT_1 Domain 650 809 5.3e-39 134.9 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945607.1
TCATTGGGCCAAGATTTATTTAATTACTTGAGCCGATGAGTTATTTCAATTGGGCCTCTCATGTTAATTATTCAAGCCCACTTCTACTTAATTAATTATTAGGCTACCTTATGTTGAGCCTTTTAATTATTTAATCTTATAACATTACTTGTTCCTATTTATTAAGCCCGATTAATTATGAGGTTATAAAGCGAATAAGTTGAAGTATTTATTTATTTTCTATTGACTACGAGGAACGGGGTTTATTTAATTGACGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016838
ATGCCACCAAGACGAGGGCGTCCGAGAGGAGGGGGAAGGATTCCCCGGAATGATGAGAGAGGCCCAGAAGCAGGGCCAGAACCTGAATTAGTTCAACCACCTGTTCAGCCAGAACGACGGATTGAAGAATTATTCTTGCGACAGAACCCACCTACCTTCAACGGAACAGGAGACCCGGCAGAAGCTGAAACTTGGGTTCGTGCTATTGAGCGCATTTTCAATTTCCTGCGTTGCGCCGACCAAGAACGCCTGACTTGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801590.1
MPPRRGRPRGGGRIPRNDERGPEAGPEPELVQPPVQPERRIEELFLRQNPPTFNGTGDPAEAETWVRAIERIFNFLRCADQERLTCMSFQLTGSADFWWEARMKTMTAEQIENLTWEQFNAGIYDKYIPKSYRKKKAAEFYNLKQGKMSVTQYDRMFCDMSRYAPEQVDTDEKMAEKFCAGLRHEIRMALASHGGLSYTESLSRALDIEAAMPGERLAIVPAPALPHDQNHNQNFKGKRRWDNSNPNQGEKRPWQGRVFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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