Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000175`

染色体: Chr03 坐标: 1901939-1903356 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000175`
名称	SmilChr03G000175
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1901939 - 1903356 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015768`
GeneID	`131015768`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015768`
原始查询	`SmilChr03G000175`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=34.7; qcov=0.664; evalue=8.75e-50; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=36.9; qcov=0.675; evalue=3.16e-56; confidence=medium
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015768

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057800177.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800177.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800177.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800177.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800177.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1902127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B17,B72,B76
`Chr3:1902139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr3:1902165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr3:1902175`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B124,B69
`Chr3:1902182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B73
`Chr3:1902187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr3:1902202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C84
`Chr3:1902218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B44,C80
`Chr3:1902229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B120,B124,B69,C31
`Chr3:1902238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr3:1902239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr3:1902271`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800177.1

434 aa

217

434

WHD_DRP

NB-ARC

WHD_DRP

PF23559 WHD_DRP 3-74 aa PF00931 NB-ARC 142-289 aa PF23559 WHD_DRP 376-424 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800177.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	3	74	2.8e-25	88.8	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057800177.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	142	289	1e-39	136.6	NB-ARC domain
`XP_057800177.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	376	424	2.8e-25	88.8	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944194.1
ATGGGAGTGTTTGAGGAAGATGATTCGGTTAGAGTCTCGACACTCGTGAAGCTATGGGTTTTTGAAGGACTTTTAAAACCCATGAATGACAAAAGTTTGGAAACTATTGCCATAGAGTTCTTAAAGGACTTAGTTGATAGAAATCTCATTCTAGTTGGTGAAGTGGGGTCTACAGGAAACATAAAATTCGTCAAAATTCACGATTTACTGAGGGATTTATGCTTGAGCCAGAGCAAGAAAGATGGGTTCTATCATGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015768
ATGGGAGTGTTTGAGGAAGATGATTCGGTTAGAGTCTCGACACTCGTGAAGCTATGGGTTTTTGAAGGACTTTTAAAACCCATGAATGACAAAAGTTTGGAAACTATTGCCATAGAGTTCTTAAAGGACTTAGTTGATAGAAATCTCATTCTAGTTGGTGAAGTGGGGTCTACAGGAAACATAAAATTCGTCAAAATTCACGATTTACTGAGGGATTTATGCTTGAGCCAGAGCAAGAAAGATGGGTTCTATCATGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800177.1
MGVFEEDDSVRVSTLVKLWVFEGLLKPMNDKSLETIAIEFLKDLVDRNLILVGEVGSTGNIKFVKIHDLLRDLCLSQSKKDGFYHVIGQSSPRGISSQRRVVIPRNTPKKKVLDDLQSMSRARCIISEHGASCVLRIPVDIPIAGMGGIGKTTLAKTVYSKKIIEQRFDVCAWATISQKYNTREILCELVSEATKKSKEQLSEKSEDELGLELYQYLSGRRFLIVMDDMWSIEAWDRIQRFFPENENYSRILVTTRLSHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器