Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000179

染色体: Chr03 坐标: 1923440-2552598 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000179
名称SmilChr03G000179
描述putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1923440 - 2552598 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016821
GeneID131016821
locus_tag-
NCBI NameLOC131016821
原始查询SmilChr03G000179

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物putative late blight resistance protein homolog R1C-3
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=27; qcov=1.02; evalue=1.18e-67; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=30.9; qcov=0.929; evalue=4.08e-87; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016821

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057801560.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057801560.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801562.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801562.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801562.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1923610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B133,B21,C27,C5
Chr3:1923629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C34
Chr3:1923673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:1923706 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 4 A9,B69,C24,D4
Chr3:1923706 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 4 A9,B69,C24,D4
Chr3:1923708 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 4 A9,B69,C24,D4
Chr3:1923708 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 4 A9,B69,C24,D4
Chr3:1923725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B138,D5
Chr3:1923733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A3,B117,C43,C61
Chr3:1923735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A3,B117,C43,C61
Chr3:1923740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr3:1923750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B35,B77,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801560.1
881 aa
N
1
440
881
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 181-344 aa PF23559 WHD_DRP 429-499 aa PF23598 LRR_14 551-839 aa
XP_057801561.1
881 aa
N
1
440
881
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 181-344 aa PF23559 WHD_DRP 429-499 aa PF23598 LRR_14 551-839 aa
XP_057801562.1
749 aa
N
1
374
749
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 49-212 aa PF23559 WHD_DRP 297-367 aa PF23598 LRR_14 419-614 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801560.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 181 344 2e-41 142.2 NB-ARC domain
XP_057801560.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 429 499 3.7e-17 62.8 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801560.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 551 839 1.7e-20 73.8 Leucine-rich repeat region
XP_057801561.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 181 344 2e-41 142.2 NB-ARC domain
XP_057801561.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 429 499 3.7e-17 62.8 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801561.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 551 839 1.8e-20 73.8 Leucine-rich repeat region
XP_057801562.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 49 212 1.6e-41 142.5 NB-ARC domain
XP_057801562.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 297 367 2.6e-17 63.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801562.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 419 614 1e-20 74.5 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945578.1
ACACATAATGTTTCTGATAATAATTGAGGAGAGGAGATATAGCCATTTTACACATTGTTTTTGCTGAACCTAAACTCAGATTCTATCAAATTCTTTCTCAGAAAAATATACACTGTTTTTCCTTGGATCATGGCAGCATATGCAGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATCGAGACAATCGAGCATCACCATTCCCCTCCAATTTGTATCGACAAACAACAAGTTGAATCTCTCACTCGAATTGTTACCTTTTTGCAGGG...
XM_057945577.1
CCACTGTCTTCAACCTATTCGGAAATTTCAAAGGTGAATACCAACCAAGTTGAGCATCATTAATCATAGTTTATTCTTGGATGCATGAATTAGAACATGGAAATCAGCATCACTCACCTACTCTACTCATATATTCTTATTTTTAAAGACTTGAATCAGCGCATAGTTAAATGACGTCAAGGACACATTGTTTGTGATAATAATTGAGGAGATATAGCCATTTTACACATTGTTTTTGCTGAACCTAAACTCAGATTCCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016821
ATGGCAGCATATGCAGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATCGAGACAATCGAGCATCACCATTCCCCTCCAATTTGTATCGACAAACAACAAGTTGAATCTCTCACTCGAATTGTTACCTTTTTGCAGGGATTTCTTAAAGGTTATAAGTCCCCTGTTGCTGACGGAGATGAAGCTGATCCACTGGAGATGCGTATTGTAGATGCAGCTCATGCTGTTGAAGATGTTATCGAATCACATATTGTGAACGTGATTGAACT...
LOC131016821
ATGGCGGCATATGCAGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATTGATAAAATCGAGCATCACCATTCCCCTCCAGTTTCTATCGACAAACAACAAGTTGAATCTCTCACTCAAATTCTTACCTTTTTGCAGGAATTTCTTGAAAGTTATAAGTCCCCTGTTGCCGACGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGTATCGCAGATGCAGCTCATGCTGTTGAAGATGTTATCGAATCACATATTGTGAACGTGATTAAACT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057801560.1
MAAYAALVSLMHIIDKIEHHHSPPVSIDKQQVESLTQILTFLQEFLESYKSPVADGDEADPLEMRIADAAHAVEDVIESHIVNVIKLGRSSPNEEFLQGYVVDAAHAAEEVNSREEVSCIDFYQDLQKVIEEMNVIKKEAMETSAEAQLQRKVSSTHAGSLTSSSNVKESKMVGFDDVQLQLLDWLTGGNRNRQIISITGMGGIGKTTLARHIFEHALVKQHFDIRAWTTISQTYNVRETLREVLYQVSGHSRNDLSDEN...
XP_057801561.1
MAAYAALVSLMHIIETIEHHHSPPICIDKQQVESLTRIVTFLQGFLKGYKSPVADGDEADPLEMRIVDAAHAVEDVIESHIVNVIELGRSSPNEEFLQGYVVDAAHAAEEVNSREEVSCIDFYQDLQKVIEEMNVIKKEAMETSAEAQLQRKVSSTHAGSLTSSSNVKESKMVGFDDVQLQLLDWLTGGNRNRQIISITGMGGIGKTTLARHIFEHALVKQHFDIRAWTTISQTYNVRETLREVLYQVSGHSRNDLSDEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器