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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000201

染色体: Chr03 坐标: 2282683-2287094 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000201
名称SmilChr03G000201
描述uncharacterized SmilChr03G000201
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向2282683 - 2287094 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016847
GeneID131016847
locus_tag-
NCBI NameLOC131016847
原始查询SmilChr03G000201

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057801605.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801604.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801604.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801604.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801604.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:2282882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B17,B45,C13,C48
Chr3:2282903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:2282916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B117,B118
Chr3:2282959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C38,C65
Chr3:2282984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B16,C44,C80,D5
Chr3:2283019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B131,C18,C2
Chr3:2283020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:2283128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B51,C41,C73
Chr3:2283245 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 59 A19,A20,B101,B105,B111,B113,B121,B129,B132,B134,B139,B21,B28,B42,B43,B44,B52,B54,B69,B7,B72,B79,B89,B90,B97,B99,C1,C10,C15,C17,C2,C23,C26,C27,C30,C31,C32,C35,C41,C43,C48,C5,C50,C51,C52,C56,C61,C68,C7,C70,C73,C74,C76,C77,C8,C82,C86,C87,C9
Chr3:2283261 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 9 B124,B133,B137,B56,C23,C25,C64,C66,D9
Chr3:2283272 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 36 A19,A20,B101,B111,B121,B129,B132,B19,B28,B42,B43,B54,B69,B7,B76,B97,C1,C15,C32,C43,C48,C50,C51,C52,C56,C61,C68,C7,C70,C74,C77,C8,C82,C86,C87,C9
Chr3:2283275 T TTG 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 40 A19,A20,B101,B111,B121,B129,B132,B19,B28,B42,B43,B54,B69,B7,B72,B76,B97,C1,C15,C26,C31,C32,C35,C43,C48,C50,C51,C52,C56,C61,C68,C7,C70,C74,C77,C8,C82,C86,C87,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099237.1
CCACACTTGCTAAACTTGTTTATAATGATTCATCGATTATGCAAATTTTTAGTACTTGTGCTTGGGTTACAATATCACAAGATCATAGTGTAGAACGCATTGTTCAAAATCTTCTAGCTTCCATTAAACAAATTTCAAATGCTGAGAGCGACATCCCTATGGAAACCTTAATTTGCGAGTACCTAAAAGGTCGAAGGTATCTTATTGTAATGGACGACATGTGGAGTACGAAAGCTTGGGATGATGTAAAGAGTTTGTTT...
XR_009099238.1
CCACACTTGCTAAACTTGTTTATAATGATTCATCGATTATGCAAATTTTTAGTACTTGTGCTTGGGTTACAATATCACAAGATCATAGTGTAGAACGCATTGTTCAAAATCTTCTAGCTTCCATTAAACAAATTTCAAATGCTGAGAGCGACATCCCTATGGAAACCTTAATTTGCGAGTACCTAAAAGGTCGAAGGTATCTTATTGTAATGGACGACATGTGGAGTACGAAAGCTTGGGATGATGTAAAGAGTTTGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016847
ATGGCTTATTATGAAGCTTTTGACACCCTGCTTCAAACCTTAGATCTAATCCTAAAGCATGGCGATGATCGCGTCATCACTCATTCTGTTAAACAAGAACTTTTATCCATCCGCGTCCAAGCTGTTGTCTTGCAATTGAATGTTAAACATTATCCAAACAAAGAAAGGATCAGAGAGGCAGCAGTTTCAACCCATGAGATTATTGAATATCTCTTCTATGAAGAAAATGTTTCAGATGGAGTCAGACTTGTGACCAGGCT...
LOC131016847
ATGGCTTATTATGAAGCTTTTGACACCCTGCTTCAAACCTTAGATCTAATCCTAAAGCATGGCGATGATCGCGTCATCACTCATTCTGTTAAACAAGAACTTTTATCCATCCGCGTCCAAGCTGTTGTCTTGCAATTGAATGTTAAACATTATCCAAACAAAGAAAGGATCAGAGAGGCAGCAGTTTCAACCCATGAGATTATTGAATATCTCTTCTATGAAGAAAATGTTTCAGATGGAGTCAGACTTGTGACCAGGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801604.1
MAYYEAFDTLLQTLDLILKHGDDRVITHSVKQELLSIRVQAVVLQLNVKHYPNKERIREAAVSTHEIIEYLFYEENVSDGVRLVTRLTELAQRLESTVRDVVDYIKGKGPVASLTDSPDVRSTIISSKYDKVVGFQEDLEAIRDELCKTSSRLMVFPIVGTGGIEFPNVDDDDLADMDDDYMPDAEDTRHNENTGWSSRTRSLKQETTSM
XP_057801605.1
MAYYEAFDTLLQTLDLILKHGDDRVITHSVKQELLSIRVQAVVLQLNVKHYPNKERIREAAVSTHEIIEYLFYEENVSDGVRLVTRLTELAQRLESTVRDVVDYIKGKGPVASLTDSPDVRSTIISSKYDKVVGFQEDLEAIRDELCKTSSRLMVFPIVGTGGIEFPNVDDDDLADMDDDYMPDAEDTRHNENTGWSSRTRNIFKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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