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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000203

染色体: Chr03 坐标: 2298339-2302432 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000203
名称SmilChr03G000203
描述uncharacterized SmilChr03G000203
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向2298339 - 2302432 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016850
GeneID131016850
locus_tag-
NCBI NameLOC131016850
原始查询SmilChr03G000203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801609.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801609.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801610.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057801610.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801609.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:2298462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr3:2298463 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B11,C1,D3
Chr3:2298463 C CGA 2bp_insertion CDS_variant 3 B11,C1,D3
Chr3:2298472 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 30 A18,A20,A7,B1,B103,B106,B110,B120,B123,B124,B139,B33,B41,B53,B59,B8,B87,B9,B93,B99,C10,C16,C32,C42,C53,C68,C69,C7,C74,C77
Chr3:2298474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B22,B6,B96
Chr3:2298497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B23,C48,C85
Chr3:2298503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C21
Chr3:2298510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:2298519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B140,B81,B9,C27
Chr3:2298532 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 191 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A9,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B13,B130,B132,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B39,B4,B40,B41,B45,B46,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B6,B61,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B91,B93,B94,B95,B97,B98,C1,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C18,C2,C20,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C34,C36,C37,C38,C4,C40,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C87,D1,D10,D2,D3,D4,D6,D8,D9
Chr3:2298553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B24,C38
Chr3:2298559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B31,B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099241.1
CCACACTTGCTAAACTTGTTTATAATGATTCATCGATTATGAGAAATTTTAGTACTTGTGCCTGGGTTACAATATCACAAGATCATAGTGTAGAACGCATTGTTCTAAATCTTCTAGCTTCCATAAAAAAAATTTCAAATGCTGAGAGCGACATCCCTATGGAAACCTTAATTTGCGAGTACCTAAAATATCGAAGGTATCTTATTGTAATGGATGACATGTGGAGTACGAAAGCTTGGGATGACGTAAAGAGTTTGTTT...
XR_009099243.1
CCACACTTGCTAAACTTGTTTATAATGATTCATCGATTATGAGAAATTTTAGTACTTGTGCCTGGGTTACAATATCACAAGATCATAGTGTAGAACGCATTGTTCTAAATCTTCTAGCTTCCATAAAAAAAATTTCAAATGCTGAGAGCGACATCCCTATGGAAACCTTAATTTGCGAGTACCTAAAATATCGAAGGTATCTTATTGTAATGGATGACATGTGGAGTACGAAAGCTTGGGATGACGTAAAGAGTTTGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016850
ATGGCTTATGAAGCTTTTGATACCCTGCTTCAAACCTTAGATCGAATCCTAAAGCATGGCGATGATCGCGTCATCACTCATTCTATTAAACAAGAAATTTTATCCATCCGCGTCCAAGCTGTTGTCTTGCAATTGGATGTCAAACATTATCCAAACAAAGAAAGGATCAGAGAGGCAGCAGTTTCAACCCATGAGATTATTGAATATCTCTTCTCTGAAGAAAATGTTTCAGATGGAGTCAGACTTGTGAACAGGCTGAG...
LOC131016850
ATGGCTTATGAAGCTTTTGATACCCTGCTTCAAACCTTAGATCGAATCCTAAAGCATGGCGATGATCGCGTCATCACTCATTCTATTAAACAAGAAATTTTATCCATCCGCGTCCAAGCTGTTGTCTTGCAATTGGATGTCAAACATTATCCAAACAAAGAAAGGATCAGAGAGGCAGCAGTTTCAACCCATGAGATTATTGAATATCTCTTCTCTGAAGAAAATGTTTCAGATGGAGTCAGACTTGTGAACAGGCTGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801609.1
MAYEAFDTLLQTLDRILKHGDDRVITHSIKQEILSIRVQAVVLQLDVKHYPNKERIREAAVSTHEIIEYLFSEENVSDGVRLVNRLREVAQRLESTVGDVVDYIKGKGPVASLTDSPDVRSTIRSSKDDEVVGFQEDLVAIRDQLRYIPSRLMVFPIVGTGGIELPNVDDDDLADMDDDYMPDAEDTRHNENTGWSSRTRSLKQKRNPSSKPHLCWKVSETYSGMQELSFSLSLSDLFVELDSFFPSDAFRDG
XP_057801610.1
MAYEAFDTLLQTLDRILKHGDDRVITHSIKQEILSIRVQAVVLQLDVKHYPNKERIREAAVSTHEIIEYLFSEENVSDGVRLVNRLREVAQRLESTVGDVVDYIKGKGPVASLTDSPDVRSTIRSSKDDEVVGFQEDLVAIRDQLRYIPSRLMVFPIVGTGGIELPNVDDDDLADMDDDYMPDAEDTRHNENTGWSSRTRNIFRNAGAQLLSLSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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