Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000225`

染色体: Chr03 坐标: 2647204-2649873 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000225`
名称	SmilChr03G000225
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	2647204 - 2649873 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015777`
GeneID	`131015777`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015777`
原始查询	`SmilChr03G000225`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT1G58390` (AT1G58390) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208] identity=25.5; qcov=0.987; evalue=5.92e-62; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=28.9; qcov=0.799; evalue=2.83e-69; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057800185.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057800185.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057800185.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800185.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800185.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:2647208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:2647209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr3:2647274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B122
`Chr3:2647297`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B54,B95
`Chr3:2647345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C15,C37,C79,D9
`Chr3:2647375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:2647402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr3:2647429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:2647466`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A8,C26,C35,D3
`Chr3:2647466`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A8,C26,C35,D3
`Chr3:2647546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B84,C85
`Chr3:2647552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800185.1

889 aa

444

889

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 163-330 aa PF23559 WHD_DRP 417-488 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800185.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	163	330	1.1e-41	143.1	NB-ARC domain
`XP_057800185.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	417	488	9.5e-15	55.1	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944202.1
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCCATTTCTCTAAACAAACACCAAGTTCAATCCCTCACTGAAATTATCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATGACTCCCCTGTTTCCGACGAAGCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015777
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCCATTTCTCTAAACAAACACCAAGTTCAATCCCTCACTGAAATTATCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATGACTCCCCTGTTTCCGACGAAGCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800185.1
MAAYAALVSLMHIIDDLERHHSPPISLNKHQVQSLTEIITFLQEFLEAYDSPVSDEADPLEMRIADAAYAAEDAIESHIVAKIQLSRSTEADISPVSDEADPKEEMKLFQDVQNVIQEMDQIKSLAMQRNTEKVVLHDTRRSFISASSSTEKNNSGVVVWSEGVVNGILERLVSDQRERQVIPITGMCGIGKTTLAKTVYSKKYIEHRFDVCAWSTISQQYNTREILCELVSQATKKSKEQLSEKSEDELGLELYQYLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器