Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000241

染色体: Chr03 坐标: 2855374-2856807 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000241
名称SmilChr03G000241
描述uncharacterized SmilChr03G000241
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向2855374 - 2856807 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016979
GeneID131016979
locus_tag-
NCBI NameLOC131016979
原始查询SmilChr03G000241

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057801819.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801819.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057801819.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801819.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:2856140 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C64
Chr3:2856140 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C64
Chr3:2856336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B72,B77,C21,C80
Chr3:2856347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B27,B81,B86,C30
Chr3:2856370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,B64
Chr3:2856374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,C30,C47,D7
Chr3:2856379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C47,C55,D7
Chr3:2856396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B53
Chr3:2856399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,D10
Chr3:2856409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C25
Chr3:2856421 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A18,B104,C73
Chr3:2856421 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 A18,B104,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945836.1
AGGAGACTAGTAAACTGTAGGGTCAACCGACAAGTCTTCTCTTATCTTAGCTGTTTGGCATTAATGTGATTCTGAAAGGTGGATGAAAAGCTGCACACATAATGTTTCTGATAATAATTGAGAAGAGGAGATATACCCATTTTACACATTGTTTTTGCTGAACCTAAACTCAGATTCTATCAAATTCTTTCTCAGAAAAATATACACTGTTTTTCCTTGGATCATGGCAGCCTATGCAGCCATAGTTTCTCTTATGAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016979
ATGGCAGCCTATGCAGCCATAGTTTCTCTTATGAATACCATCAATCAGATCGAGCACCACCCTTCCCCTCCAATTTCTATCGACAAACAACAAGTTGAATCTCTCACTCAAATTGTTACCTTTTTGCAGGAATTTCTTGAAAGTTATAAGTCCCCTGTTGCCGACGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGTATCGCAGATGCAGCTCATGCTGTTGAAGATGTTATCGAATCACATATTGTGAACGTGATTAAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801819.1
MAAYAAIVSLMNTINQIEHHPSPPISIDKQQVESLTQIVTFLQEFLESYKSPVADGDEADPLEMRIADAAHAVEDVIESHIVNVIKLGRSSPNEEFLQGYVVDAAHGDEEVNSREEVVEENCGKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器