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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000246

染色体: Chr03 坐标: 2917171-2919438 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000246
名称SmilChr03G000246
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向2917171 - 2919438 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015787
GeneID131015787
locus_tag-
NCBI NameLOC131015787
原始查询SmilChr03G000246

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-10
ArabidopsisAT3G46530 (RPP13)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806]
identity=32.7; qcov=0.466; evalue=3.4e-56; confidence=low
RiceOs11g0633500
-
identity=35.1; qcov=0.475; evalue=8.26e-69; confidence=medium
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057800193.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800193.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800193.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800193.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800193.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:2917205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B32,B64,B91
Chr3:2917210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A21,A8
Chr3:2917211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B26,B74,C39
Chr3:2917214 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B128
Chr3:2917214 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B128
Chr3:2917230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B21,B87,C80
Chr3:2917245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B64,C49,C54,C8,C80
Chr3:2917260 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B64,C49,C54,C8,C80
Chr3:2917260 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 5 B64,C49,C54,C8,C80
Chr3:2917263 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B64,C49,C54,C8,C80
Chr3:2917263 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 5 B64,C49,C54,C8,C80
Chr3:2917292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800193.1
755 aa
N
1
378
755
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 180-343 aa PF23559 WHD_DRP 430-501 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800193.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 180 343 3.9e-40 138.0 NB-ARC domain
XP_057800193.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 430 501 6.7e-15 55.6 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944210.1
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCGATTTCTCTCAATAAACAACAAGTTCAATCCCTCACTGAAAATGTCATGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCTCCTGTTTCCGACGACGCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015787
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCGATTTCTCTCAATAAACAACAAGTTCAATCCCTCACTGAAAATGTCATGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCTCCTGTTTCCGACGACGCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800193.1
MAAYAALVSLMHIIDDLERHHSPPISLNKQQVQSLTENVMFLQEFLEAYISPVSDDADPLEMRIADAAYAAEDAIESHIVAKIQLSRSRETIRSRFLSCFRAPKDPKTVSSNHDDDEEMNLFQDVQNMIQEMDQIKSLAMQRNTEKVVLHDTRRSFVSASSSTGNNSSGMVVWSDIVVNGILERVVSDQRERQVIPITGMGGIGKTTLAKTVYSKKIIEQRFDVRAWATISQRYNTREILCELVSQATKQTKEQLSEKSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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