Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000277`

染色体: Chr03 坐标: 3155663-3157687 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000277`
名称	SmilChr03G000277
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	3155663 - 3157687 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015807`
GeneID	`131015807`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015807`
原始查询	`SmilChr03G000277`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=29.2; qcov=1.04; evalue=1.1e-63; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=31.6; qcov=0.99; evalue=7.08e-78; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057800212.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057800212.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057800212.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800212.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800212.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:3155679`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B102,B123,B133,B137,C16
`Chr3:3155679`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B102,B123,B133,B137,C16
`Chr3:3155680`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B26,B32,B42,C3,C65
`Chr3:3155680`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B26,B32,B42,C3,C65
`Chr3:3155748`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	A9,B20,B22,B34,B64,B89,B98,C18,C22,C26
`Chr3:3155766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr3:3155772`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	157	A1,A10,A13,A15,A16,A19,A23,A3,A5,A7,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B131,B133,B136,B139,B14,B140,B17,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B33,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B5,B51,B52,B55,B57,B6,B61,B62,B63,B64,B66,B69,B7,B71,B73,B75,B76,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C38,C39,C41,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C52,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C68,C7,C71,C72,C75,C77,C79,C8,C82,C83,C84,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4
`Chr3:3155777`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	155	A1,A10,A13,A16,A19,A23,A3,A5,A7,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B125,B126,B127,B13,B130,B136,B139,B14,B140,B17,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B5,B51,B52,B55,B56,B57,B6,B62,B63,B64,B66,B67,B69,B7,B71,B73,B75,B8,B81,B82,B83,B86,B87,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C21,C23,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C38,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C52,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C62,C66,C68,C7,C71,C72,C75,C77,C79,C8,C82,C83,C84,C87,C9,D10,D2,D3,D4,D5
`Chr3:3155792`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,C36,C4,C40
`Chr3:3155868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B119,B45,B90,B92
`Chr3:3155877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B55,C14,C44,D3
`Chr3:3155883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B50,C2,C27,C42,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800212.1

674 aa

337

674

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 1-142 aa PF23559 WHD_DRP 229-298 aa PF23598 LRR_14 350-543 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800212.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	1	142	4.1e-35	121.6	NB-ARC domain
`XP_057800212.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	229	298	9e-18	64.8	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057800212.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	350	543	3e-20	73.0	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944229.1
ATGGGCGGGATTGGTAAGACCACTCTTGCCCGACATATATTTGAGCATGCCCTTGTTAAGGAGCATTTTGATATTCGTGCATGGACTACAATTTCTCAAACTTATAATGTTAGAGAAACACTTATGCAAGTTCTTCACCAAGTGAGTGGAGATTTGGGTAGTGATCTGAGTGAGAACGAATTGGGAGAAAAATTGTACAAGTATTTATACGGTAGGAGGTATATTATAATATTGGATGATATGTGGAGTGTAGAGGTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015807
ATGGGCGGGATTGGTAAGACCACTCTTGCCCGACATATATTTGAGCATGCCCTTGTTAAGGAGCATTTTGATATTCGTGCATGGACTACAATTTCTCAAACTTATAATGTTAGAGAAACACTTATGCAAGTTCTTCACCAAGTGAGTGGAGATTTGGGTAGTGATCTGAGTGAGAACGAATTGGGAGAAAAATTGTACAAGTATTTATACGGTAGGAGGTATATTATAATATTGGATGATATGTGGAGTGTAGAGGTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800212.1
MGGIGKTTLARHIFEHALVKEHFDIRAWTTISQTYNVRETLMQVLHQVSGDLGSDLSENELGEKLYKYLYGRRYIIILDDMWSVEVWDKMRFFFPDYNDGSRVIVTTRLSNLAAELTNSNSIGMRFLDDVSSWNLFSKTVFGDEGFPLQLEEIGKKIVEKCKGLPLSIAVIGGLLAKSELTLEYWEHIEENLSSIVNSENDEYCLRVLKLSYDHLPAYLKPCFLYMGRFEEDKAIRVSELMRLWVSEGFLKPIIDKSLET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器