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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000313

染色体: Chr03 坐标: 3573195-3574644 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000313
名称SmilChr03G000313
描述uncharacterized SmilChr03G000313
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向3573195 - 3574644 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016983
GeneID131016983
locus_tag-
NCBI NameLOC131016983
原始查询SmilChr03G000313

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0102400; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0102400; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G64880 (AT1G64880)
Ribosomal protein S5 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842796]
identity=72.1; qcov=0.398; evalue=6.51e-14; confidence=low
RiceOs02g0102400
-
identity=69; qcov=0.389; evalue=1.06e-14; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGG-
PfamPF03719 (Ribosomal_S5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016983

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057801823.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057801824.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801823.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801823.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:3573260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B66,B78,D9
Chr3:3573286 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 8 B115,B134,B48,B52,B69,B70,C45,C70
Chr3:3573403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B133
Chr3:3573405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr3:3573423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B85,C1,C63,D3
Chr3:3573425 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B114,B123,C55,D9
Chr3:3573425 TA T 1bp_deletion CDS_variant 4 B114,B123,C55,D9
Chr3:3573509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:3573543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B118,B29,B46
Chr3:3573552 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 10 A16,B11,B113,B124,C15,C27,C44,C7,C76,D3
Chr3:3573599 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 8 A15,A16,B113,B124,B139,B47,C15,C27
Chr3:3573627 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B11,B129,B37,B85,C63,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801823.1
117 aa
N
1
58
117
Ribosomal_S5_C
C
PF03719 Ribosomal_S5_C 2-43 aa
XP_057801824.1
108 aa
N
1
54
108
Ribosomal_S5_C
C
PF03719 Ribosomal_S5_C 2-43 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801823.1 Pfam PF03719 Ribosomal_S5_C Domain 2 43 1.8e-12 47.2 Ribosomal protein S5, C-terminal domain
XP_057801824.1 Pfam PF03719 Ribosomal_S5_C Domain 2 43 1.5e-12 47.5 Ribosomal protein S5, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099291.1
AGATATATCTTTGGGCAGCTCCTACACAATCAGGGATGAAGGCAGGCAGAACTGTGGAGTTGATTCTTAACTTAGCTGGTTACAGGAATGTGAAATCAAAGGTTGTTGGTTCAAGGAATCCCCACAACACTGTGAAGGCTCTCTTCAAGGCTTTAAATGCGATTGAAACTCCCAAAGATGTTCAAGAAAAGTTTGGCCGAACTGTTGTTGAATCATATCTACTGTGATAGGTTACATAGGTTTACAAAGAAACAATATTA...
XM_057945841.1
ATCTTTGGGCAGCTCCTACACAATCAGGGATGAAGGCAGGCAGAACTGTGGAGTTGATTCTTAACTTAGCTGGTTACAGGAATGTGAAATCAAAGGTTGTTGGTTCAAGGAATCCCCACAACACTGTGAAGGCTCTCTTCAAGGCTTTAAATGCGGTAAATGGGAGGAATTATATTATATACATTGATATTGTATTTCACCATTGTTTATCCTTTTCCATTGCTCTTTCTTTTGCTCGCAGATTGAAACTCCCAAAGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016983
ATGAAGGCAGGCAGAACTGTGGAGTTGATTCTTAACTTAGCTGGTTACAGGAATGTGAAATCAAAGGTTGTTGGTTCAAGGAATCCCCACAACACTGTGAAGGCTCTCTTCAAGGCTTTAAATGCGGTAAATGGGAGGAATTATATTATATACATTGATATTGTATTTCACCATTGTTTATCCTTTTCCATTGCTCTTTCTTTTGCTCGCAGATTGAAACTCCCAAAGATGTTCAAGAAAAGTTTGGCCGAACTGTTGTT...
LOC131016983
ATGAAGGCAGGCAGAACTGTGGAGTTGATTCTTAACTTAGCTGGTTACAGGAATGTGAAATCAAAGGTTGTTGGTTCAAGGAATCCCCACAACACTGTGAAGGCTCTCTTCAAGGCTTTAAATGCGGTAAATGGGAGGAATTATATTATATACATTGATATTGTATTTCACCATTGTTTATCCTTTTCCATTGCTCTTTCTTTTGCTCGCAGATTGAAACTCCCAAAGATGTTCAAGAAAAGTTTGGCCGAACTGTTGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801823.1
MKAGRTVELILNLAGYRNVKSKVVGSRNPHNTVKALFKALNAVNGRNYIIYIDIVFHHCLSFSIALSFARRLKLPKMFKKSLAELLLNHIYCDRLHRYDLDLFLEFLYFCGEVVCEW
XP_057801824.1
MKAGRTVELILNLAGYRNVKSKVVGSRNPHNTVKALFKALNAVNGRNYIIYIDIVFHHCLSFSIALSFARRLKLPKMFKKSLAELLLNHIYCDRLHRFTKKQYYLWIA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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