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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000333

染色体: Chr03 坐标: 3777501-3780755 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000333
名称SmilChr03G000333
描述epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向3777501 - 3780755 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016984
GeneID131016984
locus_tag-
NCBI NameLOC131016984
原始查询SmilChr03G000333

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic-like
产物epimerase family protein SDR39U1 homolog%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G21280 (SULA)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816667]
identity=65.8; qcov=1.11; evalue=1.62e-42; confidence=medium
RiceOs02g0834700 (P0264G11.15-1)
-
identity=59.6; qcov=1.11; evalue=3.63e-39; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01370 (Epimerase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801826.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057801825.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801826.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801826.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801825.1
110 aa
N
1
55
110
Epimerase
C
PF01370 Epimerase 4-85 aa
XP_057801826.1
103 aa
N
1
52
103
Epimerase
C
PF01370 Epimerase 4-85 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801825.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 4 85 6.6e-07 29.7 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057801826.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 4 85 6.8e-07 29.7 NAD dependent epimerase/dehydratase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099294.1
TTTTTCTTTTTTTTAATCAAGTTTTTCAAGCTTCTGCACCACACTCTTAACACTCTTAACACACCCGCCGCCTCCCCCCAAGCTCCCCCCGGTGACGCCGCCCGGACGACGCTGCACGAGCAACCGGACGCCGATGCCAGTGAGTCAGTGACCGCCCCCCACCCACCCTGCGTCGCGTCGCCTCTGACGCCGCTCTTCTCGCAGCAGCAGATCGGGCGGCGGAGCACCCCTCTCCTCCGCTGACGCCGTTCTTCTCGCAG...
XR_009099293.1
TTTTTCTTTTTTTTAATCAAGTTTTTCAAGCTTCTGCACCACACTCTTAACACTCTTAACACACCCGCCGCCTCCCCCCAAGCTCCCCCCGGTGACGCCGCCCGGACGACGCTGCACGAGCAACCGGACGCCGATGCCAGTGAGTCAGTGACCGCCCCCCACCCACCCTGCGTCGCGTCGCCTCTGACGCCGCTCTTCTCGCAGCAGCAGATCGGGCGGCGGAGCACCCCTCTCCTCCGCTGACGCCGTTCTTCTCGCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016984
ATGATCGTTTCAGTAACTGGAGCCACTGGGTTCATAGGTAAAAGATTGGTGCAGAGATTGCTTGCAGCCAGGGACTATCCAGGAATTAAAATAGCAGAGGAACCAGAATGGAGAAACTGCATTCAAGGTTCTACGGCTGTTGTAAATCTGGCCGGATTGCCTATAAGCACAAGATGGTCACCCGAGATCAAGAAAGAGATCAAGGAAAGCAGGATTAAAGTAACTTCTAAGGTTGTAGATTTTATTAATAGCACACAGGA...
LOC131016984
ATGATCGTTTCAGTAACTGGAGCCACTGGGTTCATAGGTAAAAGATTGGTGCAGAGATTGCTTGCAGCCAGGGACTATCCAGGAATTAAAATAGCAGAGGAACCAGAATGGAGAAACTGCATTCAAGGTTCTACGGCTGTTGTAAATCTGGCCGGATTGCCTATAAGCACAAGATGGTCACCCGAGATCAAGAAAGAGATCAAGGAAAGCAGGATTAAAGTAACTTCTAAGGTTGTAGATTTTATTAATAGCACACAGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801825.1
MIVSVTGATGFIGKRLVQRLLAARDYPGIKIAEEPEWRNCIQGSTAVVNLAGLPISTRWSPEIKKEIKESRIKVTSKVVDFINSTQDDLRPKVLACNCSIRGSLRETPRV
XP_057801826.1
MIVSVTGATGFIGKRLVQRLLAARDYPGIKIAEEPEWRNCIQGSTAVVNLAGLPISTRWSPEIKKEIKESRIKVTSKVVDFINSTQDDLRPKVLHPGQPQGNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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