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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000346

染色体: Chr03 坐标: 3901596-3902226 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000346
名称SmilChr03G000346
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向3901596 - 3902226 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016967
GeneID131016967
locus_tag-
NCBI NameLOC131016967
原始查询SmilChr03G000346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
产物GDSL esterase/lipase LIP-4-like
ArabidopsisAT1G56670 (AT1G56670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122]
identity=46.5; qcov=0.796; evalue=7.7e-29; confidence=medium
RiceOs05g0159200 (OsGELP61)
-
identity=46.7; qcov=0.753; evalue=6.34e-32; confidence=medium
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016967

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057801802.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057801802.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801802.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801802.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801802.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:3901647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr3:3901743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C56
Chr3:3901931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr3:3901960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr3:3901984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:3902030 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B111,B68,B78
Chr3:3902030 C CGG 2bp_insertion CDS_variant 3 B111,B68,B78
Chr3:3902031 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B111,B68,B78
Chr3:3902031 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 3 B111,B68,B78
Chr3:3902042 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B111,B68,B78
Chr3:3902042 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 3 B111,B68,B78
Chr3:3902049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801802.1
162 aa
N
1
81
162
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 35-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801802.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 35 142 1.4e-07 32.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945819.1
GCTGAAAAAAACAAGAAAATGTATCATTCTAGCAAATTCTCCCTTCCTCTCGTGTGCTTCTTTTTCCTTGGCTTCGGCACTACCACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACAAACCACTAATATTCAACTTCGGAGACTCCAACAGCGACACCGGTGGCACTTCCGTTCTTGCAGGGGTGGAGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATTCTTTCACGAGCCAACCAGCCGTGCAAGCGATGGTCGCCTCATCCTCGACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016967
ATGTATCATTCTAGCAAATTCTCCCTTCCTCTCGTGTGCTTCTTTTTCCTTGGCTTCGGCACTACCACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACAAACCACTAATATTCAACTTCGGAGACTCCAACAGCGACACCGGTGGCACTTCCGTTCTTGCAGGGGTGGAGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATTCTTTCACGAGCCAACCAGCCGTGCAAGCGATGGTCGCCTCATCCTCGACTTTTTATGCGAGAGTCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801802.1
MYHSSKFSLPLVCFFFLGFGTTTATAAACSNKPLIFNFGDSNSDTGGTSVLAGVELEFPEGRTFFHEPTSRASDGRLILDFLCESLETKFLTPYLELFTPDFSNGVNFALGSADSRLESASLSHNPVAYTLGNEIAEFSRFRNVSIRRGSLGNQAGRSCLIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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