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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000349

染色体: Chr03 坐标: 3919408-3920790 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000349
名称SmilChr03G000349
描述uncharacterized SmilChr03G000349
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向3919408 - 3920790 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018123
GeneID131018123
locus_tag-
NCBI NameLOC131018123
原始查询SmilChr03G000349

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018123

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057802828.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057802828.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802828.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802828.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802828.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:3919431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B83
Chr3:3919434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C1
Chr3:3919457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr3:3919458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C49,C86
Chr3:3919465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr3:3919485 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 69 A11,A15,A19,A2,A20,A8,A9,B107,B109,B11,B111,B119,B121,B125,B126,B129,B134,B137,B138,B140,B16,B18,B22,B3,B31,B37,B39,B60,B62,B65,B69,B71,B82,B85,B90,B95,B96,B99,C1,C11,C14,C16,C18,C20,C21,C25,C29,C31,C32,C36,C38,C41,C42,C43,C51,C53,C54,C56,C58,C59,C60,C63,C68,C74,C77,C78,C82,C84,D11
Chr3:3919498 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 30 A13,A15,A2,A22,A23,A3,B10,B109,B11,B114,B125,B13,B2,B21,B55,B65,B81,B85,B94,C11,C16,C2,C28,C3,C31,C35,C46,C51,C68,C85
Chr3:3919509 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B24
Chr3:3919509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr3:3919531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C66
Chr3:3919535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr3:3919543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C31,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946845.1
ATGTCAAAATCAAAAATTCTCGCCGCCATTGAAGAGCTTCGAACCTCCATCTACAGCCTGCAAGCCTCTATCGACACTCCGACCACAAACACGTTTCCTCCGGCTACTGCTCCAAATCTCTACGGGTGTCCATCCCCTTCCCCACCACCTATTACTCCAGCCCATTACCCACCCAGATCGTTTCCCCCATTCCTACGCACAACTCACTCCACATCACTTCTCCCCATTCGCCGTCTTAGCCCATCTGAAATTGAAGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018123
ATGTCAAAATCAAAAATTCTCGCCGCCATTGAAGAGCTTCGAACCTCCATCTACAGCCTGCAAGCCTCTATCGACACTCCGACCACAAACACGTTTCCTCCGGCTACTGCTCCAAATCTCTACGGGTGTCCATCCCCTTCCCCACCACCTATTACTCCAGCCCATTACCCACCCAGATCGTTTCCCCCATTCCTACGCACAACTCACTCCACATCACTTCTCCCCATTCGCCGTCTTAGCCCATCTGAAATTGAAGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802828.1
MSKSKILAAIEELRTSIYSLQASIDTPTTNTFPPATAPNLYGCPSPSPPPITPAHYPPRSFPPFLRTTHSTSLLPIRRLSPSEIEEKNDRGLCYNCDQTWSDTHRCRSKYLILFGADDEDDFGDPKSLDSMAGVEVIVKGTSSLCASAQPFSSPHPSTGINSLSPLSPIVLQPPPPPPPSTPPLPRPPPPTEPPPNVPPSPAIPPPPITPPVSPPPIPSPSSQSPPSTTHRCRNKKLLLLGYGEDDLDPPGKPIPAVDSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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