Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000352`

染色体: Chr03 坐标: 3943991-3946723 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000352`
名称	SmilChr03G000352
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	3943991 - 3946723 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018124`
GeneID	`131018124`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018124`
原始查询	`SmilChr03G000352`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT1G59780` (AT1G59780) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842271] identity=25.6; qcov=0.993; evalue=1.4e-62; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=30; qcov=0.759; evalue=1.12e-71; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018124

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057802829.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802829.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802829.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802829.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802829.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:3943991`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B23
`Chr3:3943991`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B23
`Chr3:3943993`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B87,D3
`Chr3:3943993`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B87,D3
`Chr3:3944008`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C58
`Chr3:3944008`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C58
`Chr3:3944047`	`GC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	4	C53,C80,D3,D6
`Chr3:3944076`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	B111,B115,B132,B74,B89,B90,B92,B97,C11,C14,C51,C69,D2
`Chr3:3944105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C58
`Chr3:3944144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr3:3944152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C58
`Chr3:3944154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802829.1

910 aa

455

910

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 176-343 aa PF23559 WHD_DRP 430-501 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802829.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	176	343	2.3e-42	145.2	NB-ARC domain
`XP_057802829.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	430	501	3.2e-15	56.6	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946846.1
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGAGCCATCATTCCCCTCCGATTTCTCTCAACAAACAACAAGTTCAATCCCTCACTGAAAATGTCATGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCCCCTGTTTCCGACGAAGCAGATCCATTGGAGATGCGTATTGCAGATGTAGCTTATGCAGCCGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018124
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGAGCCATCATTCCCCTCCGATTTCTCTCAACAAACAACAAGTTCAATCCCTCACTGAAAATGTCATGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCCCCTGTTTCCGACGAAGCAGATCCATTGGAGATGCGTATTGCAGATGTAGCTTATGCAGCCGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802829.1
MAAYAALVSLMHIIDDLESHHSPPISLNKQQVQSLTENVMFLQEFLEAYISPVSDEADPLEMRIADVAYAAEDAIESHIVAKIQLSRSRETIRSRFLSCFRAPEDPKTVSSNHDDDEEMNLFQDVQNMIQEMDQIKSLAMQRNTDKVVLHVTRRSLVSASSSTGKNSSGMVVWSEGVVNGILERLVSDQCERQVIPITGMGGIGKTTLAKTVYSKKIIEQRFDVCAWATVSQQYNAREILCELVSQATNKSKEQLSEKSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器