Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000361`

染色体: Chr03 坐标: 4040456-4041489 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000361`
名称	SmilChr03G000361
描述	F-box protein At1g52495-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4040456 - 4041489 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018128`
GeneID	`131018128`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018128`
原始查询	`SmilChr03G000361`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At1g52495-like
产物	F-box protein At1g52495-like
Arabidopsis	`AT3G06240` (AT3G06240) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819798] identity=24; qcov=1.2; evalue=5.93e-14; confidence=weak
Rice	`Os12g0164300` (OsFbox646) - identity=24.5; qcov=0.945; evalue=1.52e-11; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018128

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802833.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802833.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802833.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802833.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802833.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4040503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B31,B47,C34
`Chr3:4040505`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A23,A5,B112,B120,B127,B128,B15,B18,B19,B49,B5,B54,B57,B58,B62,B63,B7,B77,B84,B88,B95,B97,C1,C3,C34,C39,C5,C54,C83,C9
`Chr3:4040624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B37,B82,C77
`Chr3:4040660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr3:4040687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B37,B82,D6
`Chr3:4040700`	`CG`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B105,C2
`Chr3:4040896`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	20	A2,A9,B105,B118,B139,B35,B41,B78,B87,B90,B92,C10,C13,C2,C35,C70,C74,C75,C77,D1
`Chr3:4040957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B40,B41,C8
`Chr3:4041040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,C13,C70,C77
`Chr3:4041068`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B134,B3
`Chr3:4041068`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B134,B3
`Chr3:4041087`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802833.1

328 aa

164

328

F-box

F-box-like

FBA_3

FBA_1

PF00646 F-box 18-56 aa PF12937 F-box-like 22-52 aa PF08268 FBA_3 116-228 aa PF07734 FBA_1 118-280 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802833.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	18	56	1.9e-11	44.1	F-box domain
`XP_057802833.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	22	52	1.1e-06	29.0	F-box-like
`XP_057802833.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	116	228	6.4e-10	39.3	F-box associated beta propeller domain
`XP_057802833.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	118	280	3.7e-12	46.6	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946850.1
ATGGATCATGAAAATACGCCGCCTCGGTTTAGGAACACTGCGAAATCCCAACATCTTCACCAAGACATCATCGAAGAAATACTGTCAAGACTTCCAGTGAAATCACTCTTGAGATTAAGGTGCGTTTCAAAATCATGGCGTTGTTTAATTGGTAGCAACAGATTCATCAAAGCCCAACTCGAGAAATCAAGAAACTACCAAAATTATGCCCGTTGGCAAACCATCTTCAACTACAATTCAGAAAATCCTGTACCCGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018128
ATGGATCATGAAAATACGCCGCCTCGGTTTAGGAACACTGCGAAATCCCAACATCTTCACCAAGACATCATCGAAGAAATACTGTCAAGACTTCCAGTGAAATCACTCTTGAGATTAAGGTGCGTTTCAAAATCATGGCGTTGTTTAATTGGTAGCAACAGATTCATCAAAGCCCAACTCGAGAAATCAAGAAACTACCAAAATTATGCCCGTTGGCAAACCATCTTCAACTACAATTCAGAAAATCCTGTACCCGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802833.1
MDHENTPPRFRNTAKSQHLHQDIIEEILSRLPVKSLLRLRCVSKSWRCLIGSNRFIKAQLEKSRNYQNYARWQTIFNYNSENPVPGLKRCSKLSYLNDPFVDPSPIDDPTNNHLLMATLWNPATRISIELPKLDLEIIKYGFGWDEQSDAYKVFAVLCSHVENEWIGNVYSSKTNSWKTVEHGSLDLDYEDGDYLCGKIHWVASENYIESFDLKSEMFGMIELPVKPEVGVRPWLESLLEEEEERGGRLRVVYEYTDNGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器