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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000368

染色体: Chr03 坐标: 4115408-4119854 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000368
名称SmilChr03G000368
描述uncharacterized SmilChr03G000368
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4115408 - 4119854 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016980
GeneID131016980
locus_tag-
NCBI NameLOC131016980
原始查询SmilChr03G000368

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0858700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0858700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G27590 (AT2G27590)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817305]
identity=75; qcov=0.39; evalue=6.05e-18; confidence=low
RiceOs01g0858700
-
identity=90; qcov=0.325; evalue=5.62e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801820.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057801820.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801820.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801820.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801820.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4115854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr3:4115857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr3:4115858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B39
Chr3:4115888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr3:4115922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,B67,C20
Chr3:4115924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B64
Chr3:4115938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr3:4115941 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B33
Chr3:4115941 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B33
Chr3:4115945 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B33
Chr3:4115945 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B33
Chr3:4115950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099288.1
TTCCCCAAATCGGACCTGGCTCTCTCTATCTTCTCCATCACGCTCACCGCCGCAATCCTCTCTCTGTCCGTCTTCCCACCGGCTCCGGCGAGGCCGTATCCGGCCGAGGGCACCGCTCCTCGACTACTACCTCCCATCATCCATTTTCCTCTCTCAAAAATCACGGATGAAGACTAAAGGGGAGCCCTAATTTCCTCCCCAAATCAGGAATCGCCGCCGCCTGAGCCGAAATCCGGCAACGCAGCGCCCTTCTCTTCGGC...
XR_009099290.1
TTCCCCAAATCGGACCTGGCTCTCTCTATCTTCTCCATCACGCTCACCGCCGCAATCCTCTCTCTGTCCGTCTTCCCACCGGCTCCGGCGAGGCCGTATCCGGCCGAGGGCACCGCTCCTCGACTACTACCTCCCATCATCCATTTTCCTCTCTCAAAAATCACGGATGAAGACTAAAGGGGAGCCCTAATTTCCTCCCCAAATCAGGAATCGCCGCCGCCTGAGCCGAAATCCGGCAACGCAGCGCCCTTCTCTTCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016980
ATGAACGTCGTTCACTGCCATGGTCTTCGAGATTCGGGCGAGTGGTTGTCACCTCCGCTCTTTCGTTACCTCTCTCCGATTTCGACCAAGAATCGCAGGAAGAAGATGAAGAAAATCAAGAAAAAGATAAGGGTTCCAAGACTAGTGCAGGAATCGACAGTGGGCTACCCTCAAAATTCTCTCTTTATCAACAGTCCGTGCAGGGAATTATATGCCTTACTTGAATTGCAGTCGCCAAAAGGGGATATAAGCTATCTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801820.1
MNVVHCHGLRDSGEWLSPPLFRYLSPISTKNRRKKMKKIKKKIRVPRLVQESTVGYPQNSLFINSPCRELYALLELQSPKGDISYLQKFFLMYVGGRAPLHLQEDFCGTALLSYYNREALLHV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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