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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000375`

染色体: Chr03 坐标: 4186723-4189433 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000375`
名称	SmilChr03G000375
描述	uncharacterized SmilChr03G000375
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4186723 - 4189433 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018136`
GeneID	`131018136`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018136`
原始查询	`SmilChr03G000375`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0125300` - identity=34.1; qcov=0.359; evalue=7.86e-45; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00665 (rve); PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018136

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802840.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057802840.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802840.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802840.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802840.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4186724`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A1,B125,B37,B45,B49,C41,C46,C82,C84
`Chr3:4186736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr3:4186745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B53
`Chr3:4186755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C28,C38
`Chr3:4186769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B121,B6
`Chr3:4186770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr3:4186779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B77,D1,D5
`Chr3:4186782`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B126,B53,C31
`Chr3:4186782`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B126,B53,C31
`Chr3:4186802`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B117,B43,B67,C37
`Chr3:4186803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B2,C20,D7
`Chr3:4186824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802840.1

800 aa

400

800

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

gag_pre-integrs

rve

PF14223 Retrotran_gag_2 34-207 aa PF22936 Pol_BBD 526-600 aa PF13976 gag_pre-integrs 639-693 aa PF00665 rve 714-799 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802840.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	34	207	7.2e-22	78.7	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057802840.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	526	600	5e-17	62.7	Pol polyprotein, beta-barrel domain
`XP_057802840.1`	Pfam	`PF13976`	gag_pre-integrs	Domain	639	693	1.3e-14	54.4	GAG-pre-integrase domain
`XP_057802840.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	714	799	4.1e-14	53.4	Integrase core domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946857.1
ATGGAGCCGTTTGGTGTTATGCGTCCTCCTATCCTTGATGGTGCAAACTACTCGGCCTGGAGGATAAGAATCCGACAGTACATCAAGGCTATCGACCTTAAAGCCTGGCACTGCGTCGAAGAAGGGTGGTCTGCCCCCAAGACCACTGATGCCCATGGTGATGTGATTTTGACACCACCTGCTCAATGGAGTCGAGCTGAGTTCGAGGAGGCAAATTTCAACGAAAAAGCTATGCATGCTATCTATTCTTTCGTGGACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018136
ATGGAGCCGTTTGGTGTTATGCGTCCTCCTATCCTTGATGGTGCAAACTACTCGGCCTGGAGGATAAGAATCCGACAGTACATCAAGGCTATCGACCTTAAAGCCTGGCACTGCGTCGAAGAAGGGTGGTCTGCCCCCAAGACCACTGATGCCCATGGTGATGTGATTTTGACACCACCTGCTCAATGGAGTCGAGCTGAGTTCGAGGAGGCAAATTTCAACGAAAAAGCTATGCATGCTATCTATTCTTTCGTGGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802840.1
MEPFGVMRPPILDGANYSAWRIRIRQYIKAIDLKAWHCVEEGWSAPKTTDAHGDVILTPPAQWSRAEFEEANFNEKAMHAIYSFVDMNMFNLIKNSTSAKEQWDILQRHCEGDTSVKETRLRLLTTKFENMKMDEGEDIKEYSKRILSVANECRELGDLISNRVLISKALRTLPPRFEMKITAIETSQNVASLDSHTLQIRDLEDSEELEKIHEGDDVALITRKFNNMVRKLRRTKENDREGSSPRHDSAPPKRNDFTPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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