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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000379

染色体: Chr03 坐标: 4234526-4237623 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000379
名称SmilChr03G000379
描述uncharacterized SmilChr03G000379
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4234526 - 4237623 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016955
GeneID131016955
locus_tag-
NCBI NameLOC131016955
原始查询SmilChr03G000379

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016955

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801780.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801780.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057801780.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801780.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801780.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4236148 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 72 A1,A14,A20,A21,A25,A3,A4,A6,A7,B103,B104,B108,B111,B112,B115,B121,B126,B133,B135,B17,B20,B22,B23,B27,B28,B40,B46,B50,B52,B58,B6,B60,B64,B65,B76,B79,B9,B98,B99,C11,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C26,C29,C32,C33,C37,C39,C42,C44,C48,C54,C58,C6,C60,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C78,C85,D2,D9
Chr3:4236204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:4236460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:4236464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr3:4236465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr3:4236476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B114,B131,B70,D11
Chr3:4236552 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 A18,B3,B44,C47,C53,C86
Chr3:4236636 CA * 1bp_deletion CDS_variant 3 B29,C43,C5
Chr3:4236758 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 A9,B113
Chr3:4236758 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 A9,B113
Chr3:4236789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B127,B133,B5,B57
Chr3:4236810 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 4 A9,B113,B63,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099271.1
TCTCTTTCAACACTACGACTGTTAGTTTAGGGTTCATTCCCTTTCATCTTCTTCATCTTCTAAATCTATCAATTTTTGATCGACGATGAATAATTCCGACGAGAAACGGCTTCTTGTGAAACGTAGCAATGTAAATCGTGATATGTGTTACTTAACTCCTCTTTCTCCGCGAGATTTATCCGAAATCTCTGAAGAAAATTTCGACCTCCCTTTTTTGGATCCAAACCAACCCACTCGTTCCAACAGTTGCGAGGGTTTGT...
XR_009099270.1
TCTCTTTCAACACTACGACTGTTAGTTTAGGGTTCATTCCCTTTCATCTTCTTCATCTTCTAAATCTATCAATTTTTGATCGACGATGAATAATTCCGACGAGAAACGGCTTCTTGTGAAACGTAGCAATGTAAATCGTGATATGTGTTACTTAACTCCTCTTTCTCCGCGAGATTTATCCGAAATCTCTGAAGAAAATTTCGACCTCCCTTTTTTGGATCCAAACCAACCCACTCGTTCCAACAGTTGCGAGGGTTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016955
ATGTTTAATGTCTCTCTTGGTGGTGCTGTAGATGGAGTAGAGGGGACGAAATACGGCCGATTCTTGTTTCTTCATGGAAGGGATGGCCAAAATTGTCGTCTAGTAGTTTATGATTGGAGTAAGAAAGAGTGCAAGGAACTTGGTATTTATAATTATCACAATCCAATAGAGATTTTTTGTTATGTTGAGAGCAATGTTTATATGCGCCGTGGAAAGCCAATCAATGGATCCCCTGTTTTTACTTATCCTTATTTAGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801780.1
MFNVSLGGAVDGVEGTKYGRFLFLHGRDGQNCRLVVYDWSKKECKELGIYNYHNPIEIFCYVESNVYMRRGKPINGSPVFTYPYLGKDEHDEEDECQGIYTSPYDYEKEYHSFDEACDADLDDFAANGFRVLNDIELEEEQERRYLAVIGMDQERRLFPLWRYYCSNLFSGSIFLAPTHLVDDRVTVLCQDIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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