Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000383`

染色体: Chr03 坐标: 4277112-4278290 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000383`
名称	SmilChr03G000383
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4277112 - 4278290 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018141`
GeneID	`131018141`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018141`
原始查询	`SmilChr03G000383`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
产物	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
Arabidopsis	`AT3G23880` (AT3G23880) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821971] identity=28.4; qcov=0.957; evalue=5.08e-15; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03478 (Beta-prop_KIB1-4); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802843.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802843.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802843.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802843.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802843.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4277151`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B113,B63,B83
`Chr3:4277154`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A14,B109,C17
`Chr3:4277154`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A14,B109,C17
`Chr3:4277168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A5,B82,C34,C63
`Chr3:4277204`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B134,B137,B16,B69,B70,C15,C38,D9
`Chr3:4277207`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B134,B137,B16,B69,B70,C15,C38,D9
`Chr3:4277229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B52,B64,C37,C54,C8
`Chr3:4277292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:4277305`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A25
`Chr3:4277314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C17
`Chr3:4277329`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A20,A7,B101,B107,B131,B40,B41,B86,B91,B93,C29,C36,C46,C51,C69,C78
`Chr3:4277335`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A1,B58,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802843.1

280 aa

140

280

FBA_3

Beta-prop_KIB1-4

FBA_1

PF08268 FBA_3 24-216 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 36-215 aa PF07734 FBA_1 40-241 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802843.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	24	216	6.7e-13	49.1	F-box associated beta propeller domain
`XP_057802843.1`	Pfam	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	Repeat	36	215	1.8e-11	44.7	KIB1-4 beta-propeller
`XP_057802843.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	40	241	4.1e-18	66.2	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946860.1
ATGAATGAGAAGAAATCGTTGCTGAGTGAACCACCTATCAGTCGATATTCACTAGAGATTACTATCAGTCCATATTCACTAGAGATTACTACATTGCTGCCACTTCAAATTTGGGGATTCTGTAATGGGCTGTTCTGCGTTCTCAGCGAACGGCCAGAAAGAGTTTACTTGTGGAACCCATCGACTCGGACCTCCAAGAAACTGCCAGAAATTTCTAGTCCCGGCTATGTTCGTAGTTACGGATTCGGTTGGGTTGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018141
ATGAATGAGAAGAAATCGTTGCTGAGTGAACCACCTATCAGTCGATATTCACTAGAGATTACTATCAGTCCATATTCACTAGAGATTACTACATTGCTGCCACTTCAAATTTGGGGATTCTGTAATGGGCTGTTCTGCGTTCTCAGCGAACGGCCAGAAAGAGTTTACTTGTGGAACCCATCGACTCGGACCTCCAAGAAACTGCCAGAAATTTCTAGTCCCGGCTATGTTCGTAGTTACGGATTCGGTTGGGTTGAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802843.1
MNEKKSLLSEPPISRYSLEITISPYSLEITTLLPLQIWGFCNGLFCVLSERPERVYLWNPSTRTSKKLPEISSPGYVRSYGFGWVESSDEYKVFVLLVHYDYYRGIDNWVGKVYSSKTKSWKTTGYLPVSWERGVFAGGKLYWMSSVYQDINFLDLKSEVFGRIELPFDHEFCRKWYWFVDVLGGLLCVLCHIELNSNAVRVWVMKEEAWKRVATFAHLVELLQPSPLLVDHKGEILVNCGSILLAYNRQDNVFREHEVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器