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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000399

染色体: Chr03 坐标: 4365807-4367368 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000399
名称SmilChr03G000399
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4365807 - 4367368 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016899
GeneID131016899
locus_tag-
NCBI NameLOC131016899
原始查询SmilChr03G000399

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
产物GDSL esterase/lipase LIP-4-like
ArabidopsisAT1G56670 (AT1G56670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122]
identity=41.9; qcov=1.02; evalue=2.43e-100; confidence=medium
RiceOs01g0329900 (OsGELP14)
-
identity=42; qcov=0.911; evalue=1.48e-88; confidence=medium
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057801683.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801683.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801683.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801683.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801683.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4365973 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 11 B111,B128,B138,B36,C26,C30,C35,C5,C7,C70,C75
Chr3:4366036 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B106,B121,B31,B61,B72,B86,C29,C69,C80
Chr3:4366038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B2,C12,C37,C50
Chr3:4366071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:4366244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:4366327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B67,C4,C46
Chr3:4366328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,D11
Chr3:4366334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B11
Chr3:4366350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:4366897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C63,C66
Chr3:4366912 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B30
Chr3:4366912 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801683.1
369 aa
N
1
184
369
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 58-352 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801683.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 58 352 7.5e-39 134.8 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945700.1
AGTAATGCTTTTAAGCCATCGCATTCTCTCCTTTTGCATCTTCCAATCCTTTTCAGCTAAAAAAAACAAGAAAATGTATTACTCTAGCAAAATCTCCCTTGCTCTCGTGTGCTTCTTCTTCCTTGGCTTCGGCACTGCCACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACGAACCACTAATATTCAACTTCGGAGACTCCAACAGCGACACCGGTGGCGCTTCTGTTCTTTCAGGGCGGGAGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016899
ATGCTTTTAAGCCATCGCATTCTCTCCTTTTGCATCTTCCAATCCTTTTCAGCTAAAAAAAACAAGAAAATGTATTACTCTAGCAAAATCTCCCTTGCTCTCGTGTGCTTCTTCTTCCTTGGCTTCGGCACTGCCACGGCGACGGCGGCCGCTTGCAGCAACGAACCACTAATATTCAACTTCGGAGACTCCAACAGCGACACCGGTGGCGCTTCTGTTCTTTCAGGGCGGGAGCTCGAGTTCCCGGAGGGGCGAACATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801683.1
MLLSHRILSFCIFQSFSAKKNKKMYYSSKISLALVCFFFLGFGTATATAAACSNEPLIFNFGDSNSDTGGASVLSGRELEFPEGRTFFHEPTGRASDGRLILDFLCESLETKFLTPYLELFTPDFSNGVNFALGGADSRLGRTNINSVAYTLGNEIAEFSRFRNVTIRRGSLDAGQVKSALFMLDIGQNDIQFDSNTKTLQQVLDGDVPAIVSNIGKAMQMLYQLGGRNFWVHNTGPLGCLPSNVALINASTAVDEYGCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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