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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000403

染色体: Chr03 坐标: 4391247-4391696 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000403
名称SmilChr03G000403
描述inactive disease susceptibility protein LOV1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4391247 - 4391696 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018150
GeneID131018150
locus_tag-
NCBI NameLOC131018150
原始查询SmilChr03G000403

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inactive disease susceptibility protein LOV1-like
产物inactive disease susceptibility protein LOV1-like
ArabidopsisAT3G50950 (ZAR1)
HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824259]
identity=27.3; qcov=0.859; evalue=3.3e-10; confidence=low
RiceOs08g0542200
-
identity=51.1; qcov=0.302; evalue=4.58e-13; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802851.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802851.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802851.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802851.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802851.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4391252 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B129,B73,C12
Chr3:4391252 A AC 1bp_insertion CDS_variant 3 B129,B73,C12
Chr3:4391324 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C33
Chr3:4391324 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C33
Chr3:4391389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:4391402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:4391423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:4391442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr3:4391450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B43,B74
Chr3:4391463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B43,B74,C33
Chr3:4391476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:4391493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B43,B74,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802851.1
149 aa
N
1
74
149
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 96-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802851.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 96 148 3.2e-11 43.8 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946868.1
ATGGAGGCAGAAGATGTTATCGAATTGTATATGATGGAAAAAATCCACTACAATATTCGATATACCCACTGGATTGCAGAACTAAGAAGAATCACGTTTATATTCCAGTTGCGCAGAATAGAAAATCAAATGGATTCAATCGCCGGAGAGGTGGTGGAGATCAAAAATAGCATCATCACCATCAAAGATGCAGAACTTGATGACTCTGTTGGGACTAGTTCATCCTCATCTCAGGGTGCAGAAGCTGGCAAAATCGATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018150
ATGGAGGCAGAAGATGTTATCGAATTGTATATGATGGAAAAAATCCACTACAATATTCGATATACCCACTGGATTGCAGAACTAAGAAGAATCACGTTTATATTCCAGTTGCGCAGAATAGAAAATCAAATGGATTCAATCGCCGGAGAGGTGGTGGAGATCAAAAATAGCATCATCACCATCAAAGATGCAGAACTTGATGACTCTGTTGGGACTAGTTCATCCTCATCTCAGGGTGCAGAAGCTGGCAAAATCGATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802851.1
MEAEDVIELYMMEKIHYNIRYTHWIAELRRITFIFQLRRIENQMDSIAGEVVEIKNSIITIKDAELDDSVGTSSSSSQGAEAGKIDMVGLNEDFLEIKAWLCGDSRQLQILPITGMGGIGKTTLARNAYDDPLIMEHFQIRVWVTITQC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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