Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000408`

染色体: Chr03 坐标: 4436879-4437310 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000408`
名称	SmilChr03G000408
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4436879 - 4437310 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018153`
GeneID	`131018153`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018153`
原始查询	`SmilChr03G000408`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=43.8; qcov=0.895; evalue=8.98e-27; confidence=medium
Rice	`Os10g0183000` (OsLSR) - identity=46; qcov=0.79; evalue=4.2e-29; confidence=medium
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018153

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057802853.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057802853.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057802853.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802853.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802853.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4436894`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C13,C49,C59
`Chr3:4436923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B64
`Chr3:4436943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr3:4436978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B25,C50,C84,D8
`Chr3:4437005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr3:4437008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B130,B83
`Chr3:4437049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B27,B45,C76,C87
`Chr3:4437057`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B89
`Chr3:4437057`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B89
`Chr3:4437063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C72
`Chr3:4437074`	`A`	`AT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	17	A3,B11,B117,B128,B132,B16,B34,B40,B59,B71,B85,B89,B92,C15,C17,C26,C51
`Chr3:4437076`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	B11,B117,B128,B132,B16,B34,B40,B59,B71,B85,B89,B92,C15,C17,C26,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802853.1

143 aa

143

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 10-106 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802853.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	10	106	5.2e-24	85.5	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946870.1
ATGGAAGAGTTTGATAAAGATAGATCCAAGGAGAGCAAAGATAGATCCAAGGAGGAAGAAGAATTGCCTGGGGCGAAAGTGCACAAGATCTTGAAAGGCAGGAGATATCTCCTTGTAATGGATGATATTTGGAGCACAGATGCTTGGGATGATGTAAGACTTATACTTCCCGACGATGGTAATGGAAGCCGAATCATATTAACGACAAGAGAAACTGATATGGCTGCTTATGCCTGTCGTTTGAGCTGTCCCCACAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018153
ATGGAAGAGTTTGATAAAGATAGATCCAAGGAGAGCAAAGATAGATCCAAGGAGGAAGAAGAATTGCCTGGGGCGAAAGTGCACAAGATCTTGAAAGGCAGGAGATATCTCCTTGTAATGGATGATATTTGGAGCACAGATGCTTGGGATGATGTAAGACTTATACTTCCCGACGATGGTAATGGAAGCCGAATCATATTAACGACAAGAGAAACTGATATGGCTGCTTATGCCTGTCGTTTGAGCTGTCCCCACAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802853.1
MEEFDKDRSKESKDRSKEEEELPGAKVHKILKGRRYLLVMDDIWSTDAWDDVRLILPDDGNGSRIILTTRETDMAAYACRLSCPHKMRFMDEAQSWNLLQQKVFAHLDCPPELENIGKEIVRSCKGLPLAIVVVAGLLSTVSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器