当前解析结果
SmilChr03G000409| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000409 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000409 |
| 描述 | disease susceptibility protein LOV1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 4437397 - 4438327 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018154 |
|---|---|
| GeneID | 131018154 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018154 |
| 原始查询 | SmilChr03G000409 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | disease susceptibility protein LOV1-like |
| 产物 | disease susceptibility protein LOV1-like |
| Arabidopsis | AT1G50180 (AT1G50180)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841440] identity=29.2; qcov=0.944; evalue=9.28e-07; confidence=low |
| Rice | Os11g0686500- identity=35.5; qcov=0.561; evalue=3.19e-10; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018154 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057802854.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802854.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802854.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802854.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802854.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:4437466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B26,B95,C23 |
Chr3:4437488 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B29,B45,C49,C80 |
Chr3:4437506 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B51,C15,C52 |
Chr3:4437518 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B29,B45,C49 |
Chr3:4437552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B34,C1,C35,C83 |
Chr3:4437570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,B93,B97,C1,C6 |
Chr3:4437575 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr3:4437714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr3:4437746 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B51,C15,C52 |
Chr3:4437833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B123,B137,C65 |
Chr3:4437856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B47,C45 |
Chr3:4437870 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802854.1PF00931
NB-ARC 158-190 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802854.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 158 | 190 | 1e-05 | 25.9 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。