Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000409

染色体: Chr03 坐标: 4437397-4438327 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000409
名称SmilChr03G000409
描述disease susceptibility protein LOV1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4437397 - 4438327 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018154
GeneID131018154
locus_tag-
NCBI NameLOC131018154
原始查询SmilChr03G000409

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease susceptibility protein LOV1-like
产物disease susceptibility protein LOV1-like
ArabidopsisAT1G50180 (AT1G50180)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841440]
identity=29.2; qcov=0.944; evalue=9.28e-07; confidence=low
RiceOs11g0686500
-
identity=35.5; qcov=0.561; evalue=3.19e-10; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018154

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802854.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802854.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802854.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802854.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802854.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4437466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B26,B95,C23
Chr3:4437488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B45,C49,C80
Chr3:4437506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C15,C52
Chr3:4437518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B45,C49
Chr3:4437552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B34,C1,C35,C83
Chr3:4437570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B93,B97,C1,C6
Chr3:4437575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:4437714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr3:4437746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B51,C15,C52
Chr3:4437833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B123,B137,C65
Chr3:4437856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C45
Chr3:4437870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802854.1
196 aa
N
1
98
196
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 158-190 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802854.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 158 190 1e-05 25.9 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946871.1
AGGGCCCACAGAAATGCCTTTCCAAGGGAGACTTTGTCATTTCGTCCTCCACTTGCAAAAATAAAGTAGACAATCCATTGGCTTTATTGTAAAAGGAAAACATATGGTTGGTCAATAATGAATAATTTATCTCTCAGTCTTCTAAACTAGCCCTGCTCTGTTTCAGCCATTCTTCCAGCTTAGTTTATCTTTATCTGCAAAAATCTAGTAGCAAAAACTTAACTGTGATCACCAAAGATGGCTTATGCTGCTCTTCTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018154
ATGGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTCGCCCGAACCACTGGAGAAATAATCTTGGATCAAGATAGATATTCCATTTTTTGTAATAAAAAACAACAAATTCGATCTATCTATGAACCATTTATTTTCTTGCAAGAGTTTCTTGAAGATTTTCCCGAGAAAGCCAACATCTTGGATGGGCGAATTAGAGATTTAGCATATGAAGCAGAACATATTATTGAGTCTTTCATATTGGACGAAGCTCCATCACATTGGTGGAACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802854.1
MAYAALLSLARTTGEIILDQDRYSIFCNKKQQIRSIYEPFIFLQEFLEDFPEKANILDGRIRDLAYEAEHIIESFILDEAPSHWWNVLAAKSKLKWQIRKIRNETDSIIREVMIIKNNNAVAVQLGASSSAAAGSPSRSAPIIKIGYMVGLHEDLLTIKSRLCGESPNLEVIPIVGMGGIGKTTLAKCVYVFTTTH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器