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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000447

染色体: Chr03 坐标: 4792703-4793744 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000447
名称SmilChr03G000447
描述actin-related protein 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向4792703 - 4793744 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017130
GeneID131017130
locus_tag-
NCBI NameLOC131017130
原始查询SmilChr03G000447

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin-related protein 3-like
产物actin-related protein 3-like
ArabidopsisAT1G13180 (DIS1)
Actin-like ATPase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837876]
identity=63.4; qcov=0.809; evalue=3.91e-32; confidence=medium
RiceOs02g0596900 (ARP3)
-
identity=69.6; qcov=0.687; evalue=6.61e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057801846.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801846.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801846.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801846.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801846.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:4792816 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B101,B134,D5
Chr3:4792816 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B101,B134,D5
Chr3:4792836 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C38
Chr3:4792836 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C38
Chr3:4792861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B108,B115,B81,C23
Chr3:4792876 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr3:4792876 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr3:4792899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D8
Chr3:4792927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B115,B81,C23
Chr3:4792937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D8
Chr3:4792951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B60,C52,C74
Chr3:4792959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945863.1
CTATTTTCATTTTCTTTTTCAATACTTCTTTGGCGGTGGAAACACGCCGGAAACACGTCGGAAAGTGCAGAGCAGCAACTTCGACCCCATCTGCAATCTCCTTAGCAGATACCCTCCATTCCCATCTGCAATCTCAATCTTCTAGCCCTAATTTTTTTTCTTTTCTTGTTTCTCATGAAAATTGAAATCTTCGCCATCAATTTCATATATATAAGGTGAAAGTTGACTGCTTTTCACTGGGTGATGAATTTCGCGACTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017130
ATGGAGTCCGCCGCCTCGCGCCCTGCTGTGGTAATCGACAGTAGCACTGGGTATACTAAAATGGGATTTGCCGGAAATGTGGAGTTGTGCTTCATAGTTCCGACTGTAGTTGCATTAAACAACTCGTTCTTGAACCAGCCGCGACCGAGTTCGAGCAAGAGCAACAATTGGCTAGGGAAGCACAATGCAGGGGTAATGGCGGATCTCGATTTCTATATAGGAGAAGAGGCGTTGTCTAGATCTAAGGAGATTGCAGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801846.1
MESAASRPAVVIDSSTGYTKMGFAGNVELCFIVPTVVALNNSFLNQPRPSSSKSNNWLGKHNAGVMADLDFYIGEEALSRSKEIADGVEAASPSLHFPTCSRHLSIAKEIKNKNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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