Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000463`

染色体: Chr03 坐标: 4952720-4957221 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000463`
名称	SmilChr03G000463
描述	disease resistance protein RPP8-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4952720 - 4957221 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017144`
GeneID	`131017144`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017144`
原始查询	`SmilChr03G000463`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	disease resistance protein RPP8-like
产物	disease resistance protein RPP8-like
Arabidopsis	`AT5G43470` (RPP8) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367] identity=30.2; qcov=0.872; evalue=1.32e-61; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=27; qcov=0.863; evalue=1.72e-54; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017144

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057801863.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057801863.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057801863.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801863.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801863.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4952916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B17,B79,C74,C9
`Chr3:4952944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C32
`Chr3:4952949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr3:4952952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B45,C62
`Chr3:4952955`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B98,C41,C60
`Chr3:4952955`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B98,C41,C60
`Chr3:4953009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr3:4953035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B74,C14
`Chr3:4953064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr3:4953068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B113,B24,B48,D5
`Chr3:4953089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B24,B48
`Chr3:4953089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801863.1

851 aa

426

851

NB-ARC

LRR_14

LRR_8

PF00931 NB-ARC 160-321 aa PF23598 LRR_14 534-834 aa PF13855 LRR_8 562-616 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801863.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	160	321	4e-25	89.1	NB-ARC domain
`XP_057801863.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	534	834	2.6e-34	119.3	Leucine-rich repeat region
`XP_057801863.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	562	616	1.4e-07	31.9	Leucine rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945880.1
TCTTTTATTTATTTTTAGAAGGAGATTTGAATAATTTTTACAGAGTTAATGTCTCAAAAACGTCCTATTATTTTAGCGTGTTTTCAAAAATGTCTCACCCTAAAGTTATTGACAACGGAATACTCAATCTTTAAAATTTTTCCAGTGCCGTGAATTTGACGCGAGCAGCCGGAATATGTTACTAGCTCTTTAAACAAAGAGTTCTTTTGGAATATGATTATGATGTTTGAATTAATTTTTTAATTTTTTCTTTGAGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017144
ATGATGATGAACAGTTTGGTCGAACAAAGAAGCATGGCAGAGGCCCTTATCTTATCGATGATGCAAAAGTTGGAACGTCGGCAAGAAAGTTCAAACTGTTGGATCACTTGCATGTTGCTAACGTGCTCCCCTGAGTACAGCGTCGGCGAAAGGAAATTGAAAGCCGAGAAGGAAACAGAAATGATAAATGAGCTGAGAATGATTGTGGATATAATGAGAGACCAGAAATTGGGAGAGGGGAGACGCCTCAATTATCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801863.1
MMMNSLVEQRSMAEALILSMMQKLERRQESSNCWITCMLLTCSPEYSVGERKLKAEKETEMINELRMIVDIMRDQKLGEGRRLNYLVCDVVEMVRVTLDTINKYFSEIHPALQWIREIKKSLLKLGMETDSGNVGEDEDEDEDVVGLVDAVEKLLRTRILHEETRRSTLLLKGMSGIGKTLLARQLYNHSDVVARFDRRVWLCVTDLTIKEILMKLIQQVVESEELERRDSLLEKMERADNRSLQQMLHRYLKGMRYLIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器