Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000495`

染色体: Chr03 坐标: 5308165-5309296 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000495`
名称	SmilChr03G000495
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-13
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	5308165 - 5309296 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017171`
GeneID	`131017171`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017171`
原始查询	`SmilChr03G000495`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-13
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-13
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057801886.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801886.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057801886.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801886.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801886.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:5308531`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B123
`Chr3:5308531`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B123
`Chr3:5308543`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C21
`Chr3:5308543`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C21
`Chr3:5308553`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B136,C21
`Chr3:5308553`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B136,C21
`Chr3:5308564`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B136
`Chr3:5308564`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B136
`Chr3:5308565`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A7,B39,B46,C12,C30,C48,C56
`Chr3:5308570`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	A7,B126,B39,B46,C12,C30,C48,C56
`Chr3:5308573`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B136
`Chr3:5308573`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945903.1
CCTCTGGAGATCTGGACGCTGCCGCTTCTGAAGCATCTTGTCTCCTTTTTGATCTTCTACCAAATCCAGAAGAAGCAGCTTCTGCTCTAAAAGAGCTGGCGACGCTGATTGTGGTGAAGAAGCTGATATGTACAGAAGAGATGATGAAGATGATTTCCAATGTGAAGAAGCTGGGAATCACTTATTTTGGAGATAGATACAAAGAAGACTATCAGCTCCAGAATCTTGTTCTTCTGCAGAATCTTGAGAAGCTGACATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017171
ATGATGAAGATGATTTCCAATGTGAAGAAGCTGGGAATCACTTATTTTGGAGATAGATACAAAGAAGACTATCAGCTCCAGAATCTTGTTCTTCTGCAGAATCTTGAGAAGCTGACATTAATTGTGAACAAAGAGTCTCCTCTTGATCAGCAGAAAGCTAAGCCTGTTTTCCCAAAGACGTTGAGAAAGTTAACCTTGAGCGGCTGGCGATTCCCCTGGAGATATATGAAAGCTGTTGCCTCTCTGCCCCATCTTCAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801886.1
MMKMISNVKKLGITYFGDRYKEDYQLQNLVLLQNLEKLTLIVNKESPLDQQKAKPVFPKTLRKLTLSGWRFPWRYMKAVASLPHLQVLKLKDHACEGDKWDIDEKIDGEESDEESDGEADVFPELEYLLIEESDLKVCVMKKGNFPKLKRLVFNDCDKLSKIPDDVGNIATLGLIEVDRDNTSLVACVQGIREKQKKEYDRTLKIREL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器