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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000499

染色体: Chr03 坐标: 5356594-5361218 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000499
名称SmilChr03G000499
描述UDP-glycosyltransferase 86A1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向5356594 - 5361218 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018185
GeneID131018185
locus_tag-
NCBI NameLOC131018185
原始查询SmilChr03G000499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 86A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 86A1-like
ArabidopsisAT2G36970 (AT2G36970)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271]
identity=46.2; qcov=0.893; evalue=1.37e-43; confidence=medium
RiceOs10g0442400
-
identity=45.3; qcov=0.723; evalue=1.91e-30; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057802890.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802890.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057802890.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802890.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802890.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:5360814 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 7 B110,B117,B125,C32,C40,C60,C76
Chr3:5360855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,C80
Chr3:5360888 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B110
Chr3:5360888 G GTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B110
Chr3:5360890 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B1,B139,B24,B99,C6
Chr3:5360890 CG C 1bp_deletion CDS_variant 5 B1,B139,B24,B99,C6
Chr3:5360943 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr3:5360943 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C81
Chr3:5361060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,C32,C68,D1,D7
Chr3:5361073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B108,B135,B35,B56
Chr3:5361120 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C30
Chr3:5361120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802890.1
177 aa
N
1
88
177
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 46-144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802890.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 46 144 1.4e-14 54.5 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946907.1
ATGAAGGTCCCTGCTTCTCCAAAAGCTTCTAAGTGTAAAAATGAGGAGAGTGGTGAATTGAGACTGCAGTGTGAGGTTAAAGGAGAAGCTGTTGCTAGGCACTTGAGGCGACGCTTCCAGGATGCCGTTCGAGAGAGAGGGCTGATCCTTGCATGGTGCGATCAGATTAAGGTTCTGTCCAATCCCGCCGTTGGGGGCTTCTTGACGCACTGTGGATGGAACTCGACTCTGGAGAGCATGTGGAGTGGCGTTCCCATGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018185
ATGAAGGTCCCTGCTTCTCCAAAAGCTTCTAAGTGTAAAAATGAGGAGAGTGGTGAATTGAGACTGCAGTGTGAGGTTAAAGGAGAAGCTGTTGCTAGGCACTTGAGGCGACGCTTCCAGGATGCCGTTCGAGAGAGAGGGCTGATCCTTGCATGGTGCGATCAGATTAAGGTTCTGTCCAATCCCGCCGTTGGGGGCTTCTTGACGCACTGTGGATGGAACTCGACTCTGGAGAGCATGTGGAGTGGCGTTCCCATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802890.1
MKVPASPKASKCKNEESGELRLQCEVKGEAVARHLRRRFQDAVRERGLILAWCDQIKVLSNPAVGGFLTHCGWNSTLESMWSGVPMICYPFEHDQPCNRKLVVDDWEIGVNLCEDYGSLDREQVAHKIKSFMNEGVSGKNAGRVRQVMQNAVEIDGSSERNIGRFVKDLEAKIHAQN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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