Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000509`

染色体: Chr03 坐标: 5489210-5490217 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000509`
名称	SmilChr03G000509
描述	glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	5489210 - 5490217 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018189`
GeneID	`131018189`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018189`
原始查询	`SmilChr03G000509`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase T3-like
产物	glutathione S-transferase T3-like
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=32.3; qcov=0.481; evalue=2.43e-15; confidence=low
Rice	`Os11g0303800` - identity=23.1; qcov=0.839; evalue=4.64e-12; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802895.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802895.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802895.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802895.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057802895.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:5489240`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C85
`Chr3:5489240`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C85
`Chr3:5489246`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C85
`Chr3:5489246`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C85
`Chr3:5489248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B69,C54,C56
`Chr3:5489271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C43,C58
`Chr3:5489343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,C54,D9
`Chr3:5489371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,B76,C41
`Chr3:5489396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B92,C30
`Chr3:5489750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B34
`Chr3:5489759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B34
`Chr3:5489840`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946912.1
ATGGATCCTAGAAATTTTTTTGAGGATTCTCAAAATTTCTCAAACTCGCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTGATAGCCAAGTTTTTGGATCTGGTTCAAACCCTCAATTTCCATATGATCTCACTCGTGAAAATTCCACTCCAGAAAATATCCACCCCACAAACACAAACACCTCCAGCGGTCCGAAAGGTTGGAATGATCAAGAAGATTTGGCGCTCATGTATGCTTGGTGTACTTGTAGCTCGGATCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018189
ATGGATCCTAGAAATTTTTTTGAGGATTCTCAAAATTTCTCAAACTCGCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTGATAGCCAAGTTTTTGGATCTGGTTCAAACCCTCAATTTCCATATGATCTCACTCGTGAAAATTCCACTCCAGAAAATATCCACCCCACAAACACAAACACCTCCAGCGGTCCGAAAGGTTGGAATGATCAAGAAGATTTGGCGCTCATGTATGCTTGGTGTACTTGTAGCTCGGATCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802895.1
MDPRNFFEDSQNFSNSQDYYPNLDNIDSQVFGSGSNPQFPYDLTRENSTPENIHPTNTNTSSGPKGWNDQEDLALMYAWCTCSSDPIVGTNQNKATLWKRIQAMYEESRADNSLLMGEKRSIESLRNRYKRLNANVTKWVGAYEEAYARKSSGMSDADIEKEAQIFYGTTKFTHYEVFEKVMRHHPNWELKLGTERTRARAVDDEDDVDEDRGSSKKSRTTEEDENPNNSTSETPVSETSTIRRPAGRDKAKAKRKGKAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器