当前解析结果
SmilChr03G000511| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000511 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000511 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 5503425 - 5506651 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017180 |
|---|---|
| GeneID | 131017180 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017180 |
| 原始查询 | SmilChr03G000511 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g33370-like |
| Arabidopsis | AT5G33370 (AT5G33370)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833315] identity=71.7; qcov=0.939; evalue=1.08e-177; confidence=high |
| Rice | Os10g0463200 (OsGELP108)- identity=72.4; qcov=0.781; evalue=7.38e-141; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017180 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057801898.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057801899.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801898.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801898.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801898.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:5503587 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr3:5503605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B7,C60 |
Chr3:5503632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B117,B7,B74,C14,C60 |
Chr3:5503635 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr3:5503674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C14 |
Chr3:5503683 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B117,B7,B74,C14,C60 |
Chr3:5503689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C58,C80 |
Chr3:5503909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr3:5504531 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:5504561 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B93,C53 |
Chr3:5504591 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,C48,C50 |
Chr3:5504610 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C58 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801898.1PF00657
Lipase_GDSL 35-345 aa
XP_057801899.1PF00657
Lipase_GDSL 35-290 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801898.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 35 | 345 | 1.1e-33 | 117.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057801899.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 35 | 290 | 9.4e-26 | 92.0 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。