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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000514

染色体: Chr03 坐标: 5529553-5551350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000514
名称SmilChr03G000514
描述protein ILITYHIA-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向5529553 - 5551350 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017183
GeneID131017183
locus_tag-
NCBI NameLOC131017183
原始查询SmilChr03G000514

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ILITYHIA-like
产物protein ILITYHIA-like
ArabidopsisAT1G64790 (ILA)
ILITYHIA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842787]
identity=70.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0721200
-
identity=76.1; qcov=0.474; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006417 (regulation of translation); GO:0019887 (protein kinase regulator activity); GO:0034198 (cellular response to amino acid starvation)
KEGG-
PfamPF02985 (HEAT); PF13513 (HEAT_EZ); PF23271 (HEAT_GCN1); PF24984 (HEAT_EF3_GNC1); PF24987 (HEAT_EF3_N); PF24993 (GNC1_N); PF25786 (HEAT_GCN1_C); PF25801 (HEAT_GCN1_C_2); PF26715 (HEAT_GCN1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017183

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801902.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801902.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057801902.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801902.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801902.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:5529630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:5529651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:5529672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B85,C37,C82
Chr3:5529694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C22,C87
Chr3:5529721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr3:5531830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:5532026 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B134
Chr3:5532026 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B134
Chr3:5532114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:5532554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B26,C78,D11
Chr3:5532556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C14
Chr3:5532746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801902.1
2638 aa
N
1
1319
2638
GNC1_N
HEAT_GCN1_2
HEAT_EF3_N
HEAT_GCN1
HEAT_EF3_GNC1
HEAT_GCN1
HEAT_EF3_N
HEAT
HEAT_GCN1
HEAT_GCN1
HEAT_EZ
HEAT_GCN1_C_2
HEAT_GCN1_C
C
PF24993 GNC1_N 213-345 aa PF26715 HEAT_GCN1_2 1104-1299 aa PF24987 HEAT_EF3_N 1365-1532 aa PF23271 HEAT_GCN1 1416-1552 aa PF24984 HEAT_EF3_GNC1 1567-1664 aa PF23271 HEAT_GCN1 1644-1792 aa PF24987 HEAT_EF3_N 1688-1814 aa PF02985 HEAT 1748-1777 aa PF23271 HEAT_GCN1 1887-2034 aa PF23271 HEAT_GCN1 2046-2235 aa PF13513 HEAT_EZ 2296-2350 aa PF25801 HEAT_GCN1_C_2 2358-2608 aa PF25786 HEAT_GCN1_C 2456-2610 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801902.1 Pfam PF24993 GNC1_N Repeat 213 345 5.8e-50 169.2 Stalled ribosome sensor GCN1 N-terminal
XP_057801902.1 Pfam PF26715 HEAT_GCN1_2 Repeat 1104 1299 5.4e-78 262.5 Stalled ribosome sensor GCN1, HEAT repeats
XP_057801902.1 Pfam PF24987 HEAT_EF3_N Repeat 1365 1532 1.5e-90 302.4 EF3 N-terminal HEAT repeat
XP_057801902.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 1416 1552 1.1e-97 326.4 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057801902.1 Pfam PF24984 HEAT_EF3_GNC1 Repeat 1567 1664 5.3e-43 146.3 Elongation factor 3/GNC1 HEAT repeat
XP_057801902.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 1644 1792 1.1e-97 326.4 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057801902.1 Pfam PF24987 HEAT_EF3_N Repeat 1688 1814 1.5e-90 302.4 EF3 N-terminal HEAT repeat
XP_057801902.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 1748 1777 7.8e-62 200.0 HEAT repeat
XP_057801902.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 1887 2034 1.1e-97 326.4 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057801902.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 2046 2235 1.1e-97 326.4 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057801902.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 2296 2350 5.5e-52 174.1 HEAT-like repeat
XP_057801902.1 Pfam PF25801 HEAT_GCN1_C_2 Repeat 2358 2608 1.5e-38 133.6 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057801902.1 Pfam PF25786 HEAT_GCN1_C Repeat 2456 2610 1.3e-87 292.2 GCN1-like, C-terminal HEAT repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945919.1
TTGTCCACTCAGATTCTAAGTCCTAAAACCCTAAGTTTGAACCCACGGCAGCTCATCCCAATCCGCTCCAATGGCGTCCAATCCCATCGACTCGCTCACGGCGATCGCTGCCACGGTCTCCACGCCGTCCACCAGCCGCCGCGTTCAGATCTTCCGCCACCGGATTCCGGCCATTCTCGACAATTTAGACTCTTTGCAGGTGACTGCTGAGTTTGTGTCGGTATTGGTTGATTTAATTTTCCAAACATTATCCATCTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017183
ATGGCGTCCAATCCCATCGACTCGCTCACGGCGATCGCTGCCACGGTCTCCACGCCGTCCACCAGCCGCCGCGTTCAGATCTTCCGCCACCGGATTCCGGCCATTCTCGACAATTTAGACTCTTTGCAGGTGACTGCTGAGTTTGTGTCGGTATTGGTTGATTTAATTTTCCAAACATTATCCATCTACGATGACCATGGATCAAGGAAAGCTGTGGATGAAGTTATTATTAAAGCCTTAACTAAAGACTTATTTATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801902.1
MASNPIDSLTAIAATVSTPSTSRRVQIFRHRIPAILDNLDSLQVTAEFVSVLVDLIFQTLSIYDDHGSRKAVDEVIIKALTKDLFMKSFAATLVQAMERHSKFQSLTGGYRLLKWSCILLIHSQFATLSKNGLSRVAQAQALVLHMVMQGPFGVRRACRKTCFHLFTKSPNIYKAYMEELKDGRIPYKDSPELLYLMLDYANSYPSSFDKLKDLFLDLYVKSVLNAREKPTKGLSEAFLPLFTHMPHEDFKNTILPSSLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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