Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000524`

染色体: Chr03 坐标: 5622396-5628473 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000524`
名称	SmilChr03G000524
描述	uncharacterized SmilChr03G000524
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	5622396 - 5628473 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017189`
GeneID	`131017189`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017189`
原始查询	`SmilChr03G000524`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	carboxyl-terminal peptidase (DUF239) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831964]; symbol=AT5G18460; hit=AT5G18460; species=arabidopsis; confidence=high
产物	carboxyl-terminal peptidase (DUF239) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831964]; symbol=AT5G18460; hit=AT5G18460; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G18460` (AT5G18460) carboxyl-terminal peptidase (DUF239) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831964] identity=79.5; qcov=0.882; evalue=1.15e-117; confidence=high
Rice	`Os07g0573400` - identity=63.8; qcov=0.887; evalue=2.75e-96; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03080 (Neprosin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057801907.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057801907.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801908.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801908.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801908.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:5623505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr3:5623521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B2,B94,C37
`Chr3:5623543`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B2,B94
`Chr3:5623543`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B2,B94
`Chr3:5624957`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B18,B2,B94
`Chr3:5624989`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B51,B93,B94,C65
`Chr3:5625069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr3:5625070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr3:5625090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr3:5626057`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B71
`Chr3:5626057`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B71
`Chr3:5627617`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801907.1

274 aa

137

274

Neprosin

PF03080 Neprosin 55-267 aa

XP_057801908.1

221 aa

110

221

Neprosin

PF03080 Neprosin 26-214 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801907.1`	Pfam	`PF03080`	Neprosin	Family	55	267	1.3e-88	296.6	Neprosin
`XP_057801908.1`	Pfam	`PF03080`	Neprosin	Family	26	214	1.4e-79	267.1	Neprosin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945924.1
AGTGAACAAACGTAATAATTTAGAAATATTACATTTCATTGTAACAATAATTATTTTTTATAATGACAATAATTACTTGATCAAATAGCTAAAAATAAAAATTATAGTTTGAAAATAAAATTACTTTTCTTCATATCAATAATTACGTTTGTTTTAAAAATGGATAATTGCGTATAAATATCACAACCTTTAGCCCAAATCCATTTTGCCCACGAGATTTGAAAAATCCAAATTTTATCACAACCTTTGATAGTTGTTCA...

XM_057945925.1
CACGCGCGCGATAGCATACACGACGGGATCGGGAGAGGTGTACGGGGCAAAAGCAACAATTAACGTGTGGGACCTATCGATAGAAGAGGTGAATGAGTTCAGCCTCTCCCAAGTTTGGGTTCTCTCCGGCTCCTTTGATGGCTCCAATCTCAACAGCATTGAAGCTGGCTGGCAGTCAGGTTAGTCCGGAGCTGTATGGTGATAGCAGGCCAAGACTCTTCACTTATTGGACGAGCGATTCATATCAAGCAACGGGATGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131017189
ATGACGCGGCGACGGCGGCCGCCGGCCGCCGCGCTGACGCCCCTGATGTTGTTAGTGGCAACGGCCATGAGCACGCGCGCGATAGCATACACGACGGGATCGGGAGAGGTGTACGGGGCAAAAGCAACAATTAACGTGTGGGACCTATCGATAGAAGAGGTGAATGAGTTCAGCCTCTCCCAAGTTTGGGTTCTCTCCGGCTCCTTTGATGGCTCCAATCTCAACAGCATTGAAGCTGGCTGGCAGGTTAGTCCGGAGCT...

LOC131017189
ATGAGTTCAGCCTCTCCCAAGTTTGGGTTCTCTCCGGCTCCTTTGATGGCTCCAATCTCAACAGCATTGAAGCTGGCTGGCAGTCAGGTTAGTCCGGAGCTGTATGGTGATAGCAGGCCAAGACTCTTCACTTATTGGACGAGCGATTCATATCAAGCAACGGGATGCTACAACCTCCTATGTTCTGGATTCATACAAACGAATAGCCGGATAGCCATCGGAGCAGCCATCTCACCGGTGTCCTCGACCGGCGGAAATCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057801907.1
MTRRRRPPAAALTPLMLLVATAMSTRAIAYTTGSGEVYGAKATINVWDLSIEEVNEFSLSQVWVLSGSFDGSNLNSIEAGWQVSPELYGDSRPRLFTYWTSDSYQATGCYNLLCSGFIQTNSRIAIGAAISPVSSTGGNQFDITILIWKDPKLGNWWMGFGDSTLVGYWPTELFTHLTDRATMVEWGGEVVNSRANDQHTSTQMGSGHYAEAGFGKASYFRNLEIVDSDNSLSSAQDISTLAENTNCYNIKSAYNKEWGT...

XP_057801908.1
MSSASPKFGFSPAPLMAPISTALKLAGSQVSPELYGDSRPRLFTYWTSDSYQATGCYNLLCSGFIQTNSRIAIGAAISPVSSTGGNQFDITILIWKDPKLGNWWMGFGDSTLVGYWPTELFTHLTDRATMVEWGGEVVNSRANDQHTSTQMGSGHYAEAGFGKASYFRNLEIVDSDNSLSSAQDISTLAENTNCYNIKSAYNKEWGTHFYYGGPGKSPQCP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器