当前解析结果
SmilChr03G000530| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000530 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000530 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000530 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 5654198 - 5662190 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018197 |
|---|---|
| GeneID | 131018197 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018197 |
| 原始查询 | SmilChr03G000530 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT5G28780 (AT5G28780)PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993] identity=38.9; qcov=0.172; evalue=9.23e-47; confidence=weak |
| Rice | Os04g0357300- identity=45; qcov=0.282; evalue=1.53e-117; confidence=weak |
| GO | GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05970 (PIF1); PF14214 (Helitron_like_N); PF21530 (Pif1_2B_dom) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018197 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802904.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057802904.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057802904.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802904.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802904.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:5654223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B32,B63,B83,C49 |
Chr3:5654269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B103,B16,B8 |
Chr3:5654278 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A18,B101,B105,B106,B108,B131,B40,B45,B6,B66,C19,C25,C52,C55,C67,C68,C81,C83 |
Chr3:5654309 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B102,B4,C16,C45 |
Chr3:5654322 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B9,C22,C26 |
Chr3:5654323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B102,B4,C16,C45 |
Chr3:5654333 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,A7,B102,C16,C45 |
Chr3:5654432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr3:5654597 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B31,B72,C20,C8 |
Chr3:5654727 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B22,B34,B61,B76,C39 |
Chr3:5654744 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B68 |
Chr3:5654745 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B109,C18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802904.1PF14214
Helitron_like_N 481-665 aa
PF05970
PIF1 1109-1311 aa
PF21530
Pif1_2B_dom 1406-1451 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802904.1 |
Pfam | PF14214 |
Helitron_like_N | Domain | 481 | 665 | 4.6e-48 | 164.7 | Helitron helicase-like domain at N-terminus |
XP_057802904.1 |
Pfam | PF05970 |
PIF1 | Family | 1109 | 1311 | 2.9e-64 | 217.4 | PIF1-like helicase |
XP_057802904.1 |
Pfam | PF21530 |
Pif1_2B_dom | Domain | 1406 | 1451 | 3.2e-17 | 62.7 | DNA helicase Pif1, 2B domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。