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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000557

染色体: Chr03 坐标: 6040104-6044499 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000557
名称SmilChr03G000557
描述MDIS1-interacting receptor like kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6040104 - 6044499 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017218
GeneID131017218
locus_tag-
NCBI NameLOC131017218
原始查询SmilChr03G000557

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MDIS1-interacting receptor like kinase 1-like
产物MDIS1-interacting receptor like kinase 1-like
ArabidopsisAT4G28650 (AT4G28650)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828983]
identity=60.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0111800 (OsCLVATA)
-
identity=61; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801939.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801939.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801939.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801939.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801939.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6040282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:6040380 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C27
Chr3:6040380 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C27
Chr3:6040450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:6040458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:6040483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr3:6040507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:6040510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C39
Chr3:6040590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,A16,B26,B4
Chr3:6040636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr3:6040644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C28,C85,D10,D11
Chr3:6040708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C13,C28,C85,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801939.1
1023 aa
N
1
512
1023
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 27-72 aa PF13855 LRR_8 78-134 aa PF00560 LRR_1 100-122 aa PF00560 LRR_1 124-144 aa PF00560 LRR_1 149-169 aa PF00560 LRR_1 172-194 aa PF00560 LRR_1 196-215 aa PF13516 LRR_6 292-306 aa PF00560 LRR_1 293-313 aa PF00560 LRR_1 340-360 aa PF00560 LRR_1 365-384 aa PF00560 LRR_1 388-410 aa PF13855 LRR_8 459-519 aa PF13855 LRR_8 491-543 aa PF00560 LRR_1 508-530 aa PF00560 LRR_1 532-553 aa PF13855 LRR_8 532-591 aa PF00560 LRR_1 557-577 aa PF00069 Pkinase 712-986 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 712-989 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801939.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 72 2.3e-07 31.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057801939.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 78 134 5.2e-49 164.6 Leucine rich repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 100 122 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 124 144 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 169 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 172 194 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 196 215 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 292 306 5.3e-05 23.7 Leucine Rich repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 293 313 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 340 360 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 384 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 410 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 459 519 5.2e-49 164.6 Leucine rich repeat
XP_057801939.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 491 543 5.2e-49 164.6 Leucine rich repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 508 530 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 532 553 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 532 591 5.2e-49 164.6 Leucine rich repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 557 577 1.1e-59 186.1 Leucine Rich Repeat
XP_057801939.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 712 986 2.9e-44 152.2 Protein kinase domain
XP_057801939.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 712 989 3.3e-40 138.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945956.1
ATCATTGTTGCAGCTTTGTTCATATAGCTCTTCCTGTCCATGATCAGAGCCACCCCTTCTTGCAAGAACCTAAAATGGTGCAAGAAAGCTGAAAATCAATCAAACCTTAATCAAATCAAAAACCACAAGTGTAAACAAAAATGAGGCCTCACCTCCTCTTCCTCATCCCCCTCTTCTTCTACTGTTCCATTGCTTTTCATTCTGTTCTTGCCTCCACCAATGAGCTCTCATCTCTTCTACAGATCAAATCCACCCTCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017218
ATGAGGCCTCACCTCCTCTTCCTCATCCCCCTCTTCTTCTACTGTTCCATTGCTTTTCATTCTGTTCTTGCCTCCACCAATGAGCTCTCATCTCTTCTACAGATCAAATCCACCCTCATTGATCCACTAAACCAGCTACAAAACTGGCAAGAAAACTCAACAGATTCAGACAAAGCCACCTCACCACAATGCCGTTGGGCCGGCATCCTCTGCAGCGAAGAAGGCCTCGTAGTGAAGCTGGACCTGTCCAGCATGAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801939.1
MRPHLLFLIPLFFYCSIAFHSVLASTNELSSLLQIKSTLIDPLNQLQNWQENSTDSDKATSPQCRWAGILCSEEGLVVKLDLSSMNLSGIISGHIQHLSSLAELNLSNNSFSSELPRALGNLTSLRSIDLSQNSFVGRFPPGLGASPGLQRLNASSNNFEGLLPYDLGNASSLESLDFRGSFFEGSIPSSFKNLKKLRFLGLSGNNLTGKIPVEVGLMESLETIIIGYNEFEGGIPRELGGLRNLQYLDLAVGTLSGEIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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