Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000570`

染色体: Chr03 坐标: 6213250-6216729 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000570`
名称	SmilChr03G000570
描述	uncharacterized SmilChr03G000570
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	6213250 - 6216729 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017228`
GeneID	`131017228`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017228`
原始查询	`SmilChr03G000570`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=24.7; qcov=0.915; evalue=1.23e-60; confidence=weak
Rice	`Os12g0597300` - identity=26.7; qcov=0.637; evalue=2.54e-55; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801941.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801941.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801941.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801941.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057801941.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:6214693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr3:6214796`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C12,C17
`Chr3:6216096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B45,C57
`Chr3:6216243`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B75,C13,C50,C71
`Chr3:6216295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B21,B24
`Chr3:6216317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B15,B61,C21
`Chr3:6216318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B61,C21
`Chr3:6216347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B21,B24,B70,C1
`Chr3:6216367`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B120,B66
`Chr3:6216373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B35,B66,C2,C23
`Chr3:6216401`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr3:6216523`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801941.1

882 aa

441

882

Transposase_mut

MULE

SWIM

PF00872 Transposase_mut 463-562 aa PF10551 MULE 464-558 aa PF04434 SWIM 707-737 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801941.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	463	562	1.6e-10	41.2	Transposase, Mutator family
`XP_057801941.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	464	558	5.6e-21	75.5	MULE transposase domain
`XP_057801941.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	707	737	3.7e-07	30.2	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945958.1
TGAGAAATTTTGATTCCCATAAGGCTGATATCTTGTGTACATGAATTTATGGGTGACATATTATGGGTGCACATGAATTTATGGCGTGATTTTATGTGGGAATTAAAACCATATCACACGGTTGTTGGGTGCATTTATACCAACTCAAAGTCATACACACTTGTTAAGGAAACAACCTTAAATTTACGAACTTAATTGGTCCGTACACGGTTGCTGGTAGGTAGTTAATGAAGAATACCAACCAAATGTTCATTCATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017228
ATGATTTTGATGTTATTTTTAGCATGTTTGTATATTCAGTTGATGTATTGGGGTACACGGTTTCCTGTTTGTGTATTTAAATGTTGTATTTTTGTCGTTTTGAAGCAGATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801941.1
MILMLFLACLYIQLMYWGTRFPVCVFKCCIFVVLKQMSFQAIVIRHSGQWKLTEYEGGDEVVVYMSKEDLCHAKLMQEVHDQLNEDGRSTYMLFYTSTTDEGRKIKVALKTDSDLNRLISEHKKYPVVYVMEKGKQSAAPVPQTQERVYYEGHRSTMFPIETDIGRSIPTHDDSRDDSSSQEEEDESESSDEEEEAIRRREILDSVSTEQEAWRQTGPQNFTSDDQPDVEPRVGVQQLEARDWGIPVLDFDDAPALGWED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器