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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000585

染色体: Chr03 坐标: 6506363-6510208 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000585
名称SmilChr03G000585
描述uncharacterized SmilChr03G000585
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6506363 - 6510208 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017240
GeneID131017240
locus_tag-
NCBI NameLOC131017240
原始查询SmilChr03G000585

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述diphthamide synthesis DPH2 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836323]; symbol=AT5G62030; hit=AT5G62030; species=arabidopsis; confidence=high
产物diphthamide synthesis DPH2 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836323]; symbol=AT5G62030; hit=AT5G62030; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G62030 (AT5G62030)
diphthamide synthesis DPH2 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836323]
identity=64.8; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0815600
-
identity=51.9; qcov=1.02; evalue=3.53e-159; confidence=high
GOGO:0017183 (protein histidyl modification to diphthamide); GO:0090560 (2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity)
KEGG-
PfamPF01866 (Diphthamide_syn)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801963.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801963.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057801963.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801963.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6506622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:6506623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:6506645 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 2 C58,C85
Chr3:6506645 A AGC 2bp_insertion CDS_variant 2 C58,C85
Chr3:6506682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr3:6506733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr3:6506796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:6506829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C78
Chr3:6506865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C78
Chr3:6507102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B53,B65,C20,C6,D2
Chr3:6507393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B119,B136,B18,C64
Chr3:6507438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801963.1
446 aa
N
1
223
446
Diphthamide_syn
C
PF01866 Diphthamide_syn 74-380 aa
XP_057801964.1
446 aa
N
1
223
446
Diphthamide_syn
C
PF01866 Diphthamide_syn 74-380 aa
XP_057801965.1
446 aa
N
1
223
446
Diphthamide_syn
C
PF01866 Diphthamide_syn 74-380 aa
XP_057801966.1
446 aa
N
1
223
446
Diphthamide_syn
C
PF01866 Diphthamide_syn 74-380 aa
XP_057801967.1
446 aa
N
1
223
446
Diphthamide_syn
C
PF01866 Diphthamide_syn 74-380 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801963.1 Pfam PF01866 Diphthamide_syn Family 74 380 2.6e-104 349.5 Putative diphthamide synthesis protein
XP_057801964.1 Pfam PF01866 Diphthamide_syn Family 74 380 2.6e-104 349.5 Putative diphthamide synthesis protein
XP_057801965.1 Pfam PF01866 Diphthamide_syn Family 74 380 2.6e-104 349.5 Putative diphthamide synthesis protein
XP_057801966.1 Pfam PF01866 Diphthamide_syn Family 74 380 2.6e-104 349.5 Putative diphthamide synthesis protein
XP_057801967.1 Pfam PF01866 Diphthamide_syn Family 74 380 2.6e-104 349.5 Putative diphthamide synthesis protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945983.1
AATTTGAAATATTTTCAGTAAAGTAGGTATAATTTAGGGTTTAATACTATATATTTAGACCAAATATATAAGTTGTGCGAAGTCAAAGAATAAAGAAGCAAACCCAAATATGAGGTGTGCTAGTGCTGGGCTTTACAAATGGCCCAAGGTTAAGAGTCCAAGTCTAAATTTATCAGCAGCTGGAAATCGCCGACACGCACTCGAGCGTATTTCTTCTCACAGTAACCAGTCTCCGGCCGCCGACGATGGCTGAAGCAACC...
XM_057945982.1
AATTTGAAATATTTTCAGTAAAGTAGGTATAATTTAGGGTTTAATACTATATATTTAGACCAAATATATAAGTTGTGCGAAGTCAAAGAATAAAGAAGCAAACCCAAATATGAGGTGTGCTAGTGCTGGGCTTTACAAATGGCCCAAGGTTAAGAGTCCAAGTCTAAATTTATCAGCAGCTGGAAATCGCCGACACGCACTCGAGCGTATTTCTTCTCACAGTAACCAGTCTCCGGCCGCCGACGATGGCTGAAGCAACC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131017240
ATGGCTGAAGCAACCGCCGACGACCAGTTAGTGCAGCAACAGCAGCCTCCGCCGAAACCGCGGCCGAAGCGCTTCGTAAAGAACCAAATCCCCGACTCAATCCTCAACGACGCGGCGCTCAACGCCGCTATCTCCCTCCTCCCGGCCAACTACAACTTCGAGATCCACAAAATCATCTGGCGCGTGCGCTCCTCGAACGCCACCCGCGTCGCTCTCCAGTTCCCGGAGGGCCTCCTCATGTACTCACTCGTCATCTCCGA...
LOC131017240
ATGGCTGAAGCAACCGCCGACGACCAGTTAGTGCAGCAACAGCAGCCTCCGCCGAAACCGCGGCCGAAGCGCTTCGTAAAGAACCAAATCCCCGACTCAATCCTCAACGACGCGGCGCTCAACGCCGCTATCTCCCTCCTCCCGGCCAACTACAACTTCGAGATCCACAAAATCATCTGGCGCGTGCGCTCCTCGAACGCCACCCGCGTCGCTCTCCAGTTCCCGGAGGGCCTCCTCATGTACTCACTCGTCATCTCCGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057801963.1
MAEATADDQLVQQQQPPPKPRPKRFVKNQIPDSILNDAALNAAISLLPANYNFEIHKIIWRVRSSNATRVALQFPEGLLMYSLVISDILATFGAVAHCFILGDVTYGACCVDDLSARALDVHLLVHFGHSCLVPIDCTTVPVLYIFVEIAINTRKLLHELSYNFSPNQISNFVMAGTIQFSNAIRAVKPELENLGFRVLIPQSKPLSAGEVLGCTAPSVKLHDSAGKDNVIIFVADGRFHLEAFMIANPDIKAFRYDPYL...
XP_057801964.1
MAEATADDQLVQQQQPPPKPRPKRFVKNQIPDSILNDAALNAAISLLPANYNFEIHKIIWRVRSSNATRVALQFPEGLLMYSLVISDILATFGAVAHCFILGDVTYGACCVDDLSARALDVHLLVHFGHSCLVPIDCTTVPVLYIFVEIAINTRKLLHELSYNFSPNQISNFVMAGTIQFSNAIRAVKPELENLGFRVLIPQSKPLSAGEVLGCTAPSVKLHDSAGKDNVIIFVADGRFHLEAFMIANPDIKAFRYDPYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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