Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000586`

染色体: Chr03 坐标: 6524256-6527552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000586`
名称	SmilChr03G000586
描述	uncharacterized SmilChr03G000586
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	6524256 - 6527552 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017241`
GeneID	`131017241`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017241`
原始查询	`SmilChr03G000586`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]; symbol=AT2G28780; hit=AT2G28780; species=arabidopsis; confidence=high
产物	P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]; symbol=AT2G28780; hit=AT2G28780; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G28780` (AT2G28780) P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427] identity=47.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0100300` - identity=33.7; qcov=0.878; evalue=6.22e-88; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF13515 (FUSC_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801968.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057801968.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057801968.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057801968.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801968.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:6524427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C45
`Chr3:6524496`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B99
`Chr3:6524496`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B99
`Chr3:6524536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr3:6524615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C10,C74
`Chr3:6524616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr3:6524625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr3:6524635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B111,B7,C33
`Chr3:6524640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr3:6524643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,C15,D4
`Chr3:6524665`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr3:6524670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801968.1

801 aa

400

801

FUSC_2

PF13515 FUSC_2 412-539 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801968.1`	Pfam	`PF13515`	FUSC_2	Family	412	539	2.1e-14	54.4	Fusaric acid resistance protein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945985.1
CTCTTCTCCTCATTCAATAAACCTCCACACCACTCCACTTTGCAGTTCCTCAACAATGGCCCCACAATACCAACACGACCGCGCCAGAGACATATGGCGGCGCTGCCTCGCCTCCGCCTTCCGCACGGCGCTGGCGTGCACCATCGTGGGCGTCGCCACCCTCTACGGCCCGGCCTACATCAACAAGCAGGTGGCCTTCCCGGCCTTCTCCTACGTGACGGTGATCCTCGTCGTCACCGACGCCACGCTGGGCGACGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017241
ATGGCCCCACAATACCAACACGACCGCGCCAGAGACATATGGCGGCGCTGCCTCGCCTCCGCCTTCCGCACGGCGCTGGCGTGCACCATCGTGGGCGTCGCCACCCTCTACGGCCCGGCCTACATCAACAAGCAGGTGGCCTTCCCGGCCTTCTCCTACGTGACGGTGATCCTCGTCGTCACCGACGCCACGCTGGGCGACGCCCTGCGCGGCTGCTGGCTGGCGCTCTACGCCACCGCGCTCGGGGTCTTCCCGGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801968.1
MAPQYQHDRARDIWRRCLASAFRTALACTIVGVATLYGPAYINKQVAFPAFSYVTVILVVTDATLGDALRGCWLALYATALGVFPGIVSLWLIGPGRLTTTTTSAAVAASAFFVALPEGTHLIAKRIALGQIVLLYVVAFINGGHTQPVMHPLHIATSTALGVGACVVALLLPFPSLAYRQVRGNSKLYIDNASERLKLFIKAFSAEDKASPKALISQAKSLNKPANKLLHCIRSKQESMQWEREPIKFLKAYKKKPAQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器