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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000600

染色体: Chr03 坐标: 6671597-6674356 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000600
名称SmilChr03G000600
描述uncharacterized SmilChr03G000600
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6671597 - 6674356 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017251
GeneID131017251
locus_tag-
NCBI NameLOC131017251
原始查询SmilChr03G000600

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0625200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0625200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0625200
-
identity=30.3; qcov=0.505; evalue=1.16e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801972.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801972.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801972.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801972.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801972.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6671926 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 10 A10,B105,B127,B139,B29,B83,B90,C15,C80,D5
Chr3:6672164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B67,C63
Chr3:6672193 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B105
Chr3:6672193 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B105
Chr3:6672234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C63,C74,C87
Chr3:6672237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C54
Chr3:6672244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr3:6672294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B75,C33,C39,C41
Chr3:6672466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:6672614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B85,C37,C54
Chr3:6672631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,C25,C52,C59
Chr3:6672633 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B48,B71,B95,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945989.1
TTGGGTTATTGCCTTTAGCCTGTAGGTTTTTTAAGGATTCGTTATTGTTTTATACGGGATTATTATTTTTGGTTTCTGGTTTTCAACGGGCGGCCTCAGCGTCCACTTGTCTTTGCTCCCATCAAATTTCTTTGCTGGAACACTTTCATCCATTTCTTGCAGCTTCGGACTTTGACCGCATTATTCATATATTTTATTATGGCAAAAAGAAGATGTGTGCTTTCAACGGAAGATGGCTCAGACGGCTCTGTGACAACTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017251
ATGGCAAAAAGAAGATGTGTGCTTTCAACGGAAGATGGCTCAGACGGCTCTGTGACAACTTCAAGACGTTTATTGTTTAGTTTACCTACTCCATCAGCAACTGATATGGCTACGCCAATTATCTTTGGCCCTGAGTGTTCACATGCTCTAACTACTCAGTCGAGAAGTTTGCGAGATAAGACTTCGAAAAAAAGAAAGAGGCGTGTTCTTATTGTTGACACTGGTGGGAGTGTTCCAATCTCACAAGTGACAGGCTCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801972.1
MAKRRCVLSTEDGSDGSVTTSRRLLFSLPTPSATDMATPIIFGPECSHALTTQSRSLRDKTSKKRKRRVLIVDTGGSVPISQVTGSSSKNGQLFLGPTNVIPRSILSKGCLRRLGSDVTQLPLSNDVNVSRSKRLSKGSCGQRRSKGKIKMQLPKMPDELWNLYVNDMTTLGVEFRRRCRTYNNSLAFTSIKMTYDEALAKANKGVYAFKVQGIVRHYIHELTPKDGVPRHLQLYFYGTERELDNRVSQSEGLDRVIVSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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